C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01)
Patent
CA 2321119
The present application discloses a method of identifying mutations in a target DNA sequence. The method involves: (a) hybridizing the target DNA sequence with a control DNA sequence wherein said control DNA sequence is the wild-type DNA sequence corresponding to the target DNA sequence to create a duplex; (b) treating the duplex to remove any spontaneous aldehydes; (c) reacting the duplex with a repair glycosylase to convert any mismatched sites in the duplex to reactive sites containing an aldehyde-containing abasic site; (d) reacting the duplex with a compound of the formula X-Z-Y, wherein X is a detectable moiety, Y is NHNH2, O-NH2 or NH2, and Z is a hydrocarbon, alkylhydroxy, alkylethoxy, alkylester, alkylether, alkylamide or alkylamine, wherein Z may be substituted or unsubstituted; and wherein Z may contain a cleavable group; for a sufficient time and under conditions to covalently bind to the reactive sites; (e) detecting the bound compound to identify sites of mismatches; (f) determining where the mismatch occurs; and (g) determining whether the mismatch is a mutation or polymorphisms.
La présente invention concerne un procédé permettant d'identifier des mutations dans une séquence d'ADN cible. Ledit procédé consiste à: (a) hybrider la séquence d'ADN cible avec une séquence d'ADN de contrôle, la séquence d'ADN de contrôle étant une séquence d'ADN de type sauvage correspondant à la séquence d'ADN cible afin de créer un duplex; (b) traiter le duplex pour enlever les aldéhydes spontanés; (c) mettre à réagir le duplex avec une glycosylase de réparation pour transformer les éventuels sites de mésappariement du duplex en sites réactifs contenant un site abasique renfermant un aldéhyde; (d) mettre à réagir le duplex avec un composé de la formule X-Z-Y, dans laquelle X est un fragment détectable, Y est NHNH¿2?, O-NH¿2? ou NH¿2?, et Z est un hydrocarbure, un alkylhydroxy, un alkyléthoxy, un alkylester, un alkyléther, un alkylamide ou une alkylamine, Z pouvant être substitué ou non; et dans laquelle Z peut renfermer un groupe clivable; pendant une durée assez longue et dans des conditions suffisantes pour provoquer une liaison covalente avec les sites réactifs; (e) détecter le composé lié pour identifier les sites de mésappariement; (f) déterminer l'emplacement des mésappariements; et (g) déterminer si le mésappariement est une mutation ou un polymorphisme.
Dana-Farber Cancer Institute Inc.
Joint Center For Radiation Oncology Support Services
Ogilvy Renault
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1371500