C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/00 (2006.01) C12N 15/66 (2006.01)
Patent
CA 2580044
A transcript mapping method according to an embodiment of the invention is described hereinafter and combines short tag based (SAGE and MPSS) efficiency with the accuracy of full-length cDNA (flcDNA) for comprehensive characterization of transcriptomes. This method is also referred to as Gene Identification Signature (GIS) analysis. In this method, the 5' and 3' ends of full-length cDNA clones are initially extracted into a ditag structure, with the ditag concatemers of the ditag being subsequently sequenced in an efficient manner, and finally mapped to the genome for defining the gene structure. As a GIS ditag represents the 5' and 3' ends of a transcript, it is more informative than SAGE and MPSS tags. Segment lengths between 5' and 3' tag pairs are obtainable including orientation, ordering and chromosome family for efficient transcript mapping and gene location identification. Furthermore, a compressed suffix array (CSA) is used for indexing the genome sequence for improve mapping speed and to reduce computational memory requirements.
L'invention concerne un procédé de mappage de transcrit selon un mode de réalisation de l'invention, qui combine l'efficacité à base d'étiquettes courtes (SAGE et MPSS) et la précision de l'ADNc pleine longueur (ADNcfl) pour une caractérisation complète de transcriptomes. Ce procédé est également appelé analyse de signature d'identification de gène (GIS). Dans ce procédé, les extrémités 5' et 3' de clones d'ADNc pleine longueur sont extraites initialement sous forme de structure ditag, les concatémères du ditag étant ensuite séquencés efficacement et finalement mappés avec le génome pour définir la structure du gène. Etant donné qu'une ditag GIS représente les extrémités 5' et 3' d'un transcrit, elle est plus informative que les étiquettes SAGE et MPSS. Les longueurs des segments entre les paires d'étiquettes 5' et 3' peuvent être obtenues, comprenant l'orientation, l'ordonnancement et la famille de chromosomes pour un mappage de transcrit et une identification de la place du gène efficaces. De plus, un réseau de suffixes comprimé (CSA) est utilisé pour l'indexage de la séquence du génome afin d'améliorer la vitesse de mappage et de réduire les capacités de mémoire de calcul requises.
Ruan Yijun
Sung Wing Kin Ken
Agency For Science Technology And Research
Deeth Williams Wall Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1525325