Method for sequencing nucleic acids with reduced errors

Details Method for sequencing nucleic acids with reduced errors Method for sequencing nucleic acids with reduced errors

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01) G06F 17/00 (2006.01)

Patent

CA 2321821

In accordance with the invention, nucleic acid polymers are sequenced in a method comprising the steps of: a) obtaining forward and reverse data sets for forward and reverse strands of the sample nucleic acid; b) determining the apparent sequence of bases for the forward and reverse data sets; c) comparing the apparent forward and reverse sequences of basis for perfect complementarity to identify any deviations from complementarity in the apparent sequence, any such deviation presenting a choice between two bases, only one of which is correct; d) applying a confidence algorithm to peaks in the data set associated with a deviation to arrive at a numerical confidence value; and e) comparing each numerical confidence value to a predetermined threshold and selecting as the correct base the base represented by the peak which has the better numerical confidence value, provided that the numerical confidence value is better than the threshold. The confidence algorithm takes into account at least one, and preferably more than one of several specific characteristics of the peaks in the data sets that were not complementary.

L'invention concerne un procédé de séquençage de polymères d'acides nucléiques, comprenant les étapes consistant : (a) à obtenir des ensembles données avant et arrière de brins avant et arrière de l'acide nucléique échantillon ; (b) à déterminer la séquence apparente de bases de ces ensembles données ; (c) à comparer les séquences apparentes avant et arrière de base, afin de rechercher une complémentarité parfaite pour identifier, dans la séquence apparente, toute déviation à partir de cette complémentarité, toute déviation de ce type présentant un choix entre deux bases, dont une seule est correcte ; (d) à appliquer un algorithme de fiabilité à des crêtes de l'ensemble données associé à une déviation, afin d'arriver à une valeur de fiabilité numérique, puis (e) à comparer chaque valeur de fiabilité numérique à un seuil déterminé, et à choisir en tant que base correcte, la base représentée par la crête possédant la meilleure valeur de fiabilité numérique, à condition que cette valeur de fiabilité soit meilleure que le seuil. L'algorithme de fiabilité prend en compte au moins une, et de préférence plusieurs caractéristiques spécifiques des crêtes des ensembles données non complémentaires.

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