G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/00 (2006.01) C07K 1/00 (2006.01) C07K 1/04 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/66 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) H01J 49/02 (2006.01) H01J 49/26 (2006.01) G01N 30/72 (2006.01)
Patent
CA 2185574
A method for correlating a peptide fragment mass spectrum with amino acid sequences derived from a database is provided. A peptide is analyzed by a tandem mass spectrometer to yield a peptide fragment mass spectrum. A protein sequence database or a nucleotide sequence database is used to predict one or more fragment spectra for comparison with the experimentally-derived fragment spectrum. In one embodiment, sub-sequences of the sequences found on the database which define a peptide having a mass substantially equal to the mass of the peptide analyzed by the tandem mass spectrometer are identified as candidate sequences. For each candidate sequence, a plurality of fragments of the sequence are identified and the masses and m/z ratios of the fragments are predicted and used to form a predicted mass spectrum. The various predicted mass spectra are compared to the experimentally derived fragment spectrum using a closeness-of-fit measure, preferably calculated with a two-step process, including a calculation of a preliminary score end, for the highest-scoring predicted spectra, calculation of a correlation function.
Le procédé décrit sert à mettre en corrélation un spectre de masse d'un fragment peptidique avec des séquences d'acides aminés dérivées d'une base de données. A cet effet, un peptide est analysé par un spectromètre de masse en tandem, afin de produire un spectre de masse d'un fragment de ce peptide. Une base de données relative à des séquences de protéines ou une base de données relative à des séquences de nucléotides est utilisée pour prévoir un ou plusieurs spectres de fragments, en vue de leur comparaison avec le spectre du même fragment dérivé par voie expérimentale. Dans un mode de réalisation, des sous-séquences desdites séquences se trouvant dans la base de données, qui définissent un peptide ayant une masse sensiblement égale à la masse du peptide analysé par le spectromètre de masse en tandem sont identifiées comme séquences candidates. Pour chaque séquence candidate, plusieurs fragments de ces séquences sont identifiés et les masses et les rapports m/z des fragments sont prévus et utilisés pour former un spectre de masse. Les divers spectres de masse prévus sont comparés au spectre de fragment dérivé par voie expérimentale, en utilisant une mesure de la qualité de l'ajustement, de préférence calculée par un processus à deux étapes, incluant un calcul d'un résultat préliminaire et, pour les spectres prévus aux résultats les plus élevés, un calcul d'une fonction de corrélation.
Eng Jimmy K.
Link Andrew J.
Yates John R. III
Oyen Wiggs Green & Mutala Llp
University Of Washington
LandOfFree
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