C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/04 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) G01N 1/00 (2006.01) G09F 3/00 (2006.01)
Patent
CA 2208428
Patient samples are identified by adding to the sample, preferably at the time it is taken, a plurality of identification oligonucleotides. The identification oligonucleotides are co-processed and sequenced at the same time as the sample. The resulting sequence analysis thus provides both the sequence of the region of interest in the sample DNA, and the sequence of the identification oligonucleotides which are used to confirm the identity of the patient. In an embodiment of the invention, a plurality of specially constructed identification oligonucleotides is used. Each identification oligonucleotide is constructed based upon a starting oligonucleotide and comprises: a) a primer site which is not homologous with DNA from the organism from which the sample is taken and which may be the same or different from the primer site of the other identification oligonucleotides; and b) an identification region having the general formula -(M-N)x- or -(M-N-N)x-, wherein N represents a nucleotide residue which is the same in the identification oligonucleotide as in the starting oligonucleotide, M represents a nucleotide residue which may be the same as or differeent from the starting oligonucleotide, with the proviso that at least one M residue in the identification region is different from the starting oligonucleotide, and x is an integer from 3 to 20. To ensure that there is no overlap between different sets of identification oligonucleotides, the identification oligonucleotides may be constructed such that the identification regions of each set are located at a different place along the starting oligonucleotide.
La présente invention concerne un procédé d'identification d'échantillons de patients qui consiste à ajouter à un échantillon, de préférence lors du prélèvement de cet échantillon, une pluralité d'oligonucléotides d'identification. Ces oligonucléotides d'identtification sont co-traités et séquencés en même temps que l'échantillon. Le séquençage résultant permet ainsi d'obtenir à la fois la séquence de la région d'intérêt dans l'échantillon d'ADN, et la séquence des oligonucléotides d'identification qui servent à confirmer l'identité du patient. Selon un mode de réalisation de cette invention, on utilise une pluralité d'oligonucléotide d'identification spécialement construits. Chaque oligonucléotide d'identification est construit à partir d'un oligonucléotide de départ et il comporte (a) un site d'amorce qui n'est pas homologue de l'ADN de l'organisme sur lequel l'échantillon a été prélevé et qui peut être identique ou différent du site d'amorce des autres oligonucléotides d'identification (b) ainsi qu'une région d'identification (b) ainsi qu'une région d'identification représentée par la formule générale -(M-N)¿x?- ou -(M-N-N)¿x?- dans laquelle N représente un résidu de nucléotide qui est le même dans l'oligonucléotide d'identification et dans l'oligonucléotide de départ, M représente un résidu de nucléotide qui peut être identique à, ou différent de l'oligonucléotide de départ, à condition qu'au moins un résidu M dans la région d'identification soit différent de l'oligonucléotide de départ, et x est un entier compris entre 3 et 20. Pour être sûr qu'il n'y ait pas de recouvrement entre plusieurs jeux d'oligonucléotides d'identification, il est possible de construire les oligonucléotides d'identification de telle sorte que les régions d'identification de chaque jeu soient localisées à un emplacement différent le long de l'oligonucléotide de départ.
Torys Llp
Visible Genetics Inc.
LandOfFree
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