Systems and methods for automated melting curve analysis

Details Systems and methods for automated melting curve analysis Systems and methods for automated melting curve analysis

G - Physics

06

F

G06F 17/00 (2006.01) G06F 9/00 (2006.01)

Patent

CA 2756300

An experimental melting curve is modeled as a sum of a true melting curve and background fluorescence. A deviation function may be generated based upon the experimental melting curve data and a model of a background signal. The deviation function may be generated by segmenting a range of the experimental curve into a plurality of windows. Within each window, a fit between the model of the background signal and the experimental melting curve data may be calculated. The deviation function may be formed from the resulting fit parameters. The deviation function may include background signal compensation and, as such, may be used in various melting curve analysis operations, such as data visualization, clustering, genotyping, scanning, negative sample removal, and the like. The deviation function may be used to seed an automated background correction process. A background-corrected melting curve may be further processed to remove an aggregation signal.

Selon l'invention, une courbe de fusion expérimentale est modélisée comme la somme d'une courbe de fusion réelle et d'une fluorescence de fond. Une fonction de déviation peut être générée sur la base des données de courbe de fusion expérimentale et d'un modèle d'un signal de fond. La fonction de déviation peut être générée par la segmentation d'une plage de la courbe expérimentale en une pluralité de fenêtres. A l'intérieur de chaque fenêtre, un ajustement entre le modèle du signal de fond et les données de courbe de fusion expérimentale peut être calculé. La fonction de déviation peut être formée à partir des paramètres d'ajustement résultants. La fonction de déviation peut comprendre une compensation de signal de fond et, en tant que telle, peut être utilisée dans diverses opérations d'analyse de courbe de fusion, telles qu'une visualisation de données, une agrégation, un génotypage, un balayage, une élimination d'échantillon négatif et similaires. La fonction de déviation peut être utilisée pour alimenter un processus de correction de fond automatique. Une courbe de fusion corrigée par rapport au fond peut être à nouveau traitée pour éliminer un signal d'agrégation.

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