Positive controls for use in polynucleotide amplification

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – P

Patent

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Details

C12P 19/34 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2217143

The present invention relates to an improvement in a method for amplifying a target sequence of a target polynucleotide. The method comprises the step of forming extension products of an oligonucleotide primer at least along the target sequence or along an extended oligonucleotide primer. The extension products are copies of the target sequence. The improvement comprises forming the extension products in the presence of a second polynucleotide, to which the oligonucleotide primer hybridizes except for 1-10 nucleotides at the 3'- end of the oligonucleotide primer. Under the conditions chosen, the oligonucleotide primer is extended along the second polynucleotide in a controlled manner relative to extension of such primer along the target sequence, thus providing a positive control for the amplification reaction, which control may be qualitative or quantitative. Optionally, a modified oligonucleotide primer is included in the amplification reaction. The modified primer is substantially identical to the oligonucleotide primer with the exception of a chemical modification at its 3'-end that prevents degradation, under the reaction conditions, of the 1-10 nucleotides referred to above. The method finds particular application in the area of nucleic acid amplification.

L'invention concerne un procédé amélioré d'amplification d'une séquence cible d'un polynucléotide cible. Ce procédé consiste à créer des produits d'extension d'une amorce d'oligonucléotide au moins le long de la séquence cible ou le long d'une extension d'amorce d'oligonucléotide. Ces produits d'extension sont des copies de la séquence cible. L'amélioration consiste à créer les produits d'extension en présence d'un deuxième polynucléotide auquel l'amorce d'oligonucléotide s'hybride, à l'exception des nucléotides 1-10 au niveau de l'extrémité 3' de l'amorce. Dans les conditions sélectionnées, l'amorce d'oligonucléotide est étendue le long du deuxième polynucléotide de façon commandée par rapport à l'extension de ladite amorce le long de la séquence cible, ce qui permet d'obtenir un contrôle positif, qualitatif ou quantitatif, pour la réaction d'amplification. Une amorce modifiée d'oligonucléotide est éventuellement comprise dans la réaction d'amplification. L'amorce modifiée est sensiblement identique à l'amorce d'oligonucléotide, à l'exception d'une modification chimique au niveau de son extrémité 3' empêchant la dégradation, dans les conditions de la réaction, des nucléotides 1-10 mentionnés ci-dessus. Ce procédé est mis avantageusement en application dans le domaine de l'amplification d'acides nucléiques.

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