Particle-based multiplex assay system with three or more...

G - Physics – 01 – N

Patent

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Details

G01N 33/543 (2006.01) B01J 19/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2592851

A system and method for developing and utilizing particle-based n-multiplexed assays that include three or more reporters utilizes n particle sets that are associated with particle identification images or labels (IDs) that differ between sets. The encoded particles for a given set are coated with a specific binding member, or in the case of the sandwich assay with coupled capture and detector binding pair members, to form particle types. The sets of particle types are then pooled, and aliquots of the particle types are removed to assay vessels. Next, samples with three or four reporter molecules are supplied to the respective vessels. After one or more incubation periods, the particles are supplied to a reader system, which determines the particle IDs to identify the particle types and also detects the reporter signals. The reader system includes multiple excitation lasers that excite the various reporters in sequence or in parallel, to supply associated signals to one or more detectors. Emission filters and wavelength discriminators are included such that a given detector receives at a given time the signals associated with a single assay binding label. The system further develops greater capacity sandwich assays by assigning subsets of capture and detector antibody pairings to the three or four reporters, respectively. The system performs greater numbers of differential RNA expressions based on the use of the three or more reporters, with one or more reporters assigned to the reference sample and the other reporters assigned to respective test samples. The system and method are also capable of performing greater numbers of SNPs utilizing primer extension reactions, by assigning different color reporters to the respective nucleotides or terminators.

L'invention porte sur un système et un procédé qui permettent de mettre au point et utiliser des essais n-multiplexés à base de particules comprenant au moins trois rapporteurs, dans lesquels sont utilisés n ensembles de particules associés à des images ou des étiquettes d'identification de particule (ID) qui diffèrent d'un ensemble à l'autre. Les particules codées d'un ensemble donné sont enrobées d'un élément de liaison spécifique ou, dans le cas d'un essai sandwich, d'éléments couplés formant une paire de liaison de capture et de détection, afin de former des types de particules. Les ensembles de types de particules sont alors regroupés, et les aliquotes des types de particules sont enlevées pour être placées dans des récipients d'essai. Ensuite, des échantillons comprenant trois ou quatre molécules rapporteurs sont placés dans les récipients respectifs. Après une ou plusieurs périodes d'incubation, les particules sont confiées à un système de lecture qui détermine les ID des particules afin d'identifier les types de particules, et qui détecte également les signaux des rapporteurs. Le système de lecture comprend plusieurs lasers d'excitation qui excitent les divers rapporteurs de manière séquentielle ou parallèle, afin de fournir des signaux associés à un ou plusieurs détecteurs. L'invention comprend des filtres d'émission et des discriminateurs de longueur d'onde, de manière qu'un détecteur donné reçoit à un moment donné les signaux associés à une seule étiquette de liaison d'essai. Le système permet en outre de mettre au point des essais sandwich de plus grande capacité en attribuant des sous-ensembles de paires d'anticorps de capture et de détection aux trois ou quatre molécules rapporteurs, respectivement. Le système permet, en utilisant les trois rapporteurs précités au moins, d'obtenir de plus grands nombres d'expressions ARN différentielles, un rapporteur au moins étant attribué à l'échantillon de référence et les autres rapporteurs étant attribués aux échantillons d'essai respectifs. Le système et le procédé permettent également d'étudier de plus grands nombres de polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) par les réactions d'extension d'amorce, en attribuant des rapporteurs de couleurs différentes aux nucléotides ou terminateurs respectifs.

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