Chromosome conformation capture-on-chip (4c) assay

Details Chromosome conformation capture-on-chip (4c) assay Chromosome conformation capture-on-chip (4c) assay

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2614118

The present invention relates in one aspect to a method for analysing the frequency of interaction of a target nucleotide sequence with one or more nucleotide sequences of interest (eg. one or more genomic loci) comprising the steps of: (a) providing a sample of cross-linked DNA; (b) digesting the cross- linked DNA with a primary restriction enzyme; (c) ligating the cross-linked nucleotide sequences; (d) reversing the cross linking; (e) digesting the nucleotide sequences with a secondary restriction enzyme; (f) ligating one or more DNA sequences of known nucleotide composition to the available secondary restriction enzyme digestion site(s) that flank the one or more nucleotide sequences of interest; (g) amplifying the one or more nucleotide sequences of interest using at least two oligonucleotide primers, wherein each primer hybridises to the DNA sequences that flank the nucleotide sequences of interest; (h) hybridising the amplified sequence(s) to an array; and (i) determining the frequency of interaction between the DNA sequences.

La présente invention concerne, dans un aspect, une méthode servant à analyser la fréquence d'interaction d'une séquence nucléotidique cible avec une ou plusieurs séquences nucléotidiques d'intérêt (p. ex. un ou plusieurs loci génomiques). La méthode consiste à: a) produire un échantillon d'ADN réticulé; b) digérer l'ADN réticulé par une enzyme de restriction primaire; c) ligaturer les séquences nucléotidiques réticulées; d) inverser la réticulation; e) digérer les séquences nucléotidiques par une enzyme de restriction secondaire; f) ligaturer une ou plusieurs séquences d'ADN d'une composition nucléotidique connue au(x) site(s) de digestion de l'enzyme de restriction secondaire disponible flanquant la (les) séquence(s) nucléotidique(s) d'intérêt; g) amplifier la (les) séquence(s) nucléotidique(s) d'intérêt en utilisant au moins deux amorces oligonucléotidiques, chaque amorce oligonucléotidique s'hybridant aux séquences d'ADN flanquant les séquences nucléotidiques d'intérêt; h) hybrider le(s) séquence(s) amplifiée(s) pour former un jeu ordonné d'échantillons; et i) déterminer la fréquence d'interaction entre les séquences d'ADN.

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