C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C40B 30/04 (2006.01) C40B 50/18 (2006.01)
Patent
CA 2544041
Disclosed are methods of multiplexed analysis of oligonucleotides in a sample, including: methods of probe and target "engineering", as well as methods of assay signal analysis relating to the modulation of the probe-target affinity constant, K by a variety of factors including the elastic properties of target strands and layers of immobilized ("grafted") probes; and assay methodologies relating to: the tuning of assay signal intensities including dynamic range compression and on-chip signal amplification; the combination of hybridization- mediated and elongation-mediated detection for the quantitative determination of abundance of messages displaying a high degree of sequence similarity, including, for example, the simultaneous determination of the relative expression levels, and identification of the specific class of, untranslated AU~-rich subsequences located near the 3' terminus of mRNA; and a new method of subtractive differential gene expression analysis which requires only a single color label.
L'invention porte sur des méthodes d'analyse en multiplex des oligonucléotides d'un échantillon dont: des méthodes de transformation de sondes et de cibles; des méthodes d'analyse de signaux d'essais modulant la constante K d'affinité sonde/cible au moyen de divers facteurs dont les propriétés élastiques de brins cibles et de couches de sondes immobilisées "greffées"; des techniques d'essais le réglage de l'intensité des signaux de l'essai incluant la compression de l'espace dynamique et l'amplification des signaux sur puce; la combinaison de la détection médiée par hybridation et par élongation pour déterminer l'abondance de messages présentant un niveau élevé de similarité de séquence, incluant par exemple la détermination simultanée des niveaux relatifs d'expression et l'identification de la classe spécifique des sous séquences non traduites riches en AU situées prés du terminus 3' de l'ARNm; et une nouvelle méthode d'analyse soustractive de l'expression génique différentielle ne nécessitant qu'un seul marqueur coloré.
Banerjee Sukanta
Seul Michael
Vener Tatiana
Yang Jiacheng
Bioarray Solutions Ltd.
Borden Ladner Gervais Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1755223