C - Chemistry – Metallurgy – 12 – N
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
N
C12N 15/70 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01) C12N 15/50 (2006.01) C12N 15/63 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) C40B 30/02 (2006.01) C12N 15/31 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2478964
Compositions and methods for rapid and highly efficient characterization of genetic diversity in organisms are provided. The methods involve rapid sequencing and characterization of extrachromosomal DNA, particularly plasmids, to identify and isolate useful nucleotide sequences. The method targets plasmid DNA and avoids repeated cloning and sequencing of the host chromosome, thus allowing one to focus on the genetic elements carrying maximum genetic diversity. The method involves generating a library of extrachromosomal DNA clones, sequencing a portion of the clones, comparing the sequences against a database of existing DNA sequences, using an algorithm to select said novel nucleotide sequence based on the presence or absence of said portion in a database, and identification of at least one novel nucleotide sequence. The DNA sequence can also be translated in all six frames and the resulting amino acid sequences can be compared against a database of protein sequences. The integrated approach provides a rapid and efficient method to identify and isolate useful genes. Organisms of particular interest include, but are not limited to bacteria, fungi, algae, and the like. Compositions comprise a mini-cosmid vector comprising a stuffer fragment and at least one cos site.
La présente invention concerne des compositions et des méthodes qui permettent de caractériser rapidement et avec une grande efficacité la diversité génétique dans des organismes. Les méthodes impliquent le séquençage rapide et la caractérisation de l'ADN extrachromosomique, notamment des plasmides, pour identifier et isoler des séquences nucléotidiques utiles. La méthode vise l'ADN plasmidique et évite le clonage et le séquençage répétés du chromosome hôte, ceci permettant de se concentrer sur les éléments génétiques présentant la diversité génétique maximum. La méthode consiste à générer une bibliothèque de clones d'ADN extrachromosomique, à séquencer une partie des clones, à comparer les séquences à une base de données de séquences d'ADN existantes, à utiliser un algorithme pour sélectionner ladite nouvelle séquence nucléotidique en fonction de la présence ou de l'absence de ladite partie dans une base de données et à identifier au moins une nouvelle séquence nucléotidique. La séquence d'ADN peut également être traduite dans la totalité des six cadres et les séquences d'acides aminés résultantes peuvent être comparées à une base de données de séquences de protéines. Cette approche intégrée constitue une méthode rapide et efficace utile pour identifier et isoler des gènes utiles. Les organismes présentant un intérêt particulier comprennent, mais sans limitation, les bactéries, les champignons, les algues et autres. Les compositions renferment un vecteur mini-cosmide comprenant un fragment directeur et au moins un site COS.
Carozzi Nadine
Carr Brian
Duck Nicholas B.
Hargiss Tracy
Koziel Michael G.
Athenix Corporation
Smart & Biggar
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1761913