C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01)
Patent
CA 2735978
The present invention relates to a method for detecting viroids, comprising: carrying out nucleic acid amplification reaction using RNA from a test plant sample as a template and a primer set comprising (i) a reverse primer of a sequence of 16 to 30 nucleotides in length within the sequence complement of the nucleotide sequence ranging from nucleotide positions 18 to 114 of a DNA sequence corresponding to the PSTVd genome (PSTVd genome-corresponding sequence); (ii) one or more forward primers for detection of PSTVd of 16 to 30 nucleotides in length, which are designed on the genome-corresponding sequence to locate the 3' end within the region ranging from nucleotide positions 127 to 147 in the PSTVd genome-corresponding sequence; and (iii) one or more forward primers for detection of TCDVd of 16 to 30 nucleotides in length, which are designed on the genome-corresponding sequence to locate the 3' end within the region ranging from nucleotide positions 210 to 224 of the PSTVd genome-corresponding sequence; and determining the presence or absence of nucleic acid amplification by the reverse primer and the forward primer for detection of PSTVd and of nucleic acid amplification by the reverse primer and the forward primer for detection of TCDVd to detect viroid PSTVd and TCDVd in the test plant distinguishing between them.
L'invention porte sur un procédé de détection d'un viroïde, qui comprend la détection de PSTVd et TCDVd viroïdes d'une façon distincte l'un de l'autre dans une plante d'intérêt par la réalisation d'une amplification d'acide nucléique à l'aide d'ARN issu d'un échantillon de la plante comme matrice et à l'aide d'un ensemble d'amorces composé de (i) une amorce antisens qui comprend une séquence ayant une longueur de 16 à 30 nucléotides et contenue dans une séquence complémentaire à une séquence nucléotidique située entre la position 18 et la position 114 dans une séquence nucléotidique d'ADN correspondant au génome PSTVd (une séquence correspondant au génome PSTVd), (ii) au moins une amorce sens de détection de PSTVd qui a une longueur de 16 à 30 nucléotides et est conçue sur la séquence correspondante au génome PSTVd, de sorte telle que l'extrémité 3' de l'amorce sens est située à l'intérieur d'une région située entre la position 127 et la position 147 dans la séquence correspondant au génome et (iii) au moins une amorce sens de détection de TCDVd qui a une longueur de 16 à 30 nucléotides et est conçue sur la séquence correspondant au génome PSTVd, de telle sorte que l'extrémité 3' de l'amorce sens est située à l'intérieur d'une région située entre la position 210 et la position 224 dans la séquence correspondant au génome, et ultérieurement la détermination de si ou non l'amplification d'acide nucléique par l'amorce antisens et l'amorce sens de détection de PSTVd a lieue et si ou non l'amplification d'acide nucléique par l'amorce antisens et l'amorce sens de détection de TCDVd a lieue.
Matsushita Yosuke
Tsuda Shinya
Incorporated Administrative Agency National Agriculture And Food
Smart & Biggar
LandOfFree
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