C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/34 (2006.01) G01N 27/447 (2006.01) G01N 33/58 (2006.01)
Patent
CA 2203932
In a method of analysing saccharide material such as glycosaminoglycans (GAG's) to determine the sequence of monosaccharide units in oligosaccharide chains thereof, the saccharide chains are end referenced, e.g. by labelling or tagging at their reducing ends, and the saccharide material is subjected to a controlled partial depolymerisation using a selective scission reagent, for example low pH nitrous acid, which cleaves internal glycosidic linkages in accordance with a known linkage specificity so as to produce a mixed set of saccharide chain fragments having different lengths ranging throughout the full spectrum of possible lengths for the particular glycosidic linkage specificity of the selective scission reagent employed. Samples of the mixed set of saccharide chain fragments are then treated with selected exoenzymes including exoglycosidases that cleave only particular glycosidic linkages at the non-reducing end of saccharide chains and exosulphatases that selectively remove sulphate groups from monosaccharide residues at the non-reducing end of saccharide chains. These exoenzymes are applied to the samples either singly or in combination in accordance with a predetermined strategy. The treated samples are then analysed, conveniently by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) to detect the chain fragments present which have a reducing end derived from the reducing end of the corresponding chain in the original saccharide material. Using PAGE, preferably gradient PAGE, the different samples are run in parallel tracks of the gel and a migration banding pattern is obtained that provides information which enables the monosaccharide sequence in the original saccharide material to be deduced.
Dans un procédé d'analyse d'un saccharide tel qu'un glycosaminoglycanne (GAG), afin de déterminer la séquence des unités monosaccharides dans des chaînes oligosaccharides de ce GAG, on référence les extrémités de ces chaînes, par exemple par étiquetage ou marquage au niveau des extrémités réductrices de celles-ci, et on soumet le saccharide à une dépolymérisation partielle régulée à l'aide d'un réactif de scission sélectif, par exemple de l'acide nitreux à pH faible, lequel clive les liaisons internes glycosidiques en conformité avec une spécificité de liaison connue, de manière à produire un ensemble mélangé de fragments de chaîne saccharide possédant des longueurs différentes couvrant tout le spectre de longueurs possibles au regard de la spécificité de liaison particulière glycosidique du réactif de scission sélectif utilisé. On traite ensuite des échantillons de l'ensemble mélangé de fragments de chaîne saccharide à l'aide d'exo-enzymes choisies, notamment des exoglycosidases, lesquelles clivent seulement des liaisons glycosidiques particulières au niveau de l'extrémité non réductrice des chaînes saccharides, ainsi que des exosulfatases qui enlèvent de façon sélective les groupes sulfate des restes monosaccharides au niveau de l'extrémité non réductrice des chaînes saccharides. On applique ces exo-enzymes sur les échantillons, soit seules, soit en combinaison, selon une stratégie prédéterminée. On analyse ensuite les échantillons traités, de manière pratique à l'aide d'une électrophorèse en gel de polyacrylamide (PAGE) afin de détecter les fragments de chaîne présents qui possèdent une extrémité réductrice dérivée de l'extrémité réductrice de la chaîne correspondante du saccharide d'origine. A l'aide de cette électrophorèse, et de préférence à l'aide d'une électrophorèse PAGE de gradient, les différents échantillons sont acheminés dans des trajets parallèles du gel, et on obtient un schéma de bandes de migration fournissant les informations permettant de déduire la séquence monosaccharide dans le saccharide d'origine.
Gallagher John Thomas
Hopwood John Joseph
Turnbull Jeremy Ewan
Borden Ladner Gervais Llp
Cancer Research Campaign Technology Limited
Cancer Research Technology Limited
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1979185