C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) A61K 31/70 (2006.01) B01J 19/00 (2006.01) C12M 1/00 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01) C12N 15/11 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01) G01N 21/78 (2006.01) G01N 27/62 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G01N 33/566 (2006.01) G01N 33/58 (2006.01)
Patent
CA 2420840
The invention relates to a method for detecting the degree of methylation of a defined cytosine in the sequence context 5ï-CpG-3ï of a genomic DNA sample. The first stage involves chemically treating the genomic DNA in such a way that the cytosine bases, but not the 5-methylcytosine bases, are converted into uracil. Parts of the genomic DNA containing the defined cytosine are then amplified. The amplified parts are given a detectable mark and the extent of the hybridisation of the amplified parts on the two classes of oligonucleotides is then determined by detecting the mark of the amplified parts. The degree of methylation of the defined cytosine in the genomic DNA sample can be deduced on the basis of the relationship between the marks detected on the two classes of oligonucleotides following the hybridisation.
Procédé de détection du degré de méthylation d'une cytosine déterminée dans le contexte séquentiel 5'-CpG-3' d'une sonde d'ADN génomique. Dans une première étape, l'ADN génomique est traité chimiquement de manière telle que les bases cytosine sont transformées en uracile, mais pas en bases 5-méthylcytosine. Ensuite, des parties de l'ADN génomique qui contiennent ladite cytosine déterminée sont amplifiées, et ces parties amplifiées sont soumises à un marquage qui peut être détecté. Dans les étapes suivantes, l'ampleur de l'hybridation des parties amplifiées aux deux classes d'oligonucléotides est déterminée par détection du marquage desdites parties amplifiées. Sur la base du rapport entre les marquages détectés sur les deux classes d'oligonucléotides à la suite de l'hybridation, il est possible de déduire le degré de méthylation de ladite cytosine déterminée contenue dans la sonde d'ADN génomique.
Berlin Kurt
Gutig David
Olek Alexander
Piepenbrock Christian
Epigenomics Ag
Macrae & Co.
LandOfFree
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