C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/00 (2006.01) A61K 48/00 (2006.01) C12Q 1/02 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G06F 17/00 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2331621
The present invention provides methods for identifying and representing the biological pathways of drug action on a cell by: (i) measuring responses of cellular constituents to graded exposures of the cell to a drug of interest; (ii) measuring the responses of cellular constituents to perturbations in one or more biological pathways of the cell; and (iii) scaling a combination of the measured pathway responses to fit the measured drug responses best according to an objective measure. In alternative embodiments, the present invention also provides for assessing the significance of the identified representation and for verifying that the identified pathways are actual pathways of drug action. In various embodiments, the effects on the cell can be determined by measuring gene expression, protein abundances, protein activities, or a combination of such measurements. In various embodiments, perturbation to a biological pathway in the cell can be made by use of titratable expression systems, use of transfection systems, modification to abundances of pathway RNAs, modifications to abundances of pathway proteins, or modifications to activities of the pathway proteins. The present invention also provides methods for drug development based on the methods for identifying biological pathways of drug action, and methods for representing the biological pathways involved in the effect of an environmental change upon a cell.
La présente invention concerne des procédés d'identification et de représentation de voies d'acheminement biologiques d'une action médicamenteuse sur une cellule. Ces procédés consistent à: I) mesurer des réponses de constituants cellulaires à des expositions graduées de la cellule à un médicament d'intérêt; ii) mesurer les réponses de constituants cellulaires à des perturbations dans une ou plusieurs voies d'acheminement biologiques de la cellule; et iii) graduer une combinaison des réponses dans les voies d'acheminement pour les faire correspondre avec les meilleures réponses au médicament mesurées en regard d'une mesure objective. Dans des formes de réalisation substitutives, l'invention concerne un procédé pour évaluer la signification de la représentation identifiée et pour vérifier que les voies d'acheminement identifiées sont des voies d'acheminement réelles de l'action médicamenteuse. Dans diverses formes de réalisation, l'effet sur la cellule peut être déterminé par mesure de l'expression génique, de l'abondance des protéines, de l'activité des protéines ou par une une combinaison desdites mesures. Dans diverses formes de réalisation, des perturbations peuvent être provoquées dans une voie d'acheminement biologique de la cellule par la mise en oeuvre de systèmes d'expression titrables, de systèmes de transfection, d'une modification de quantités abondantes d'ARN dans la voie d'acheminement, d'une modification de quantités abondantes de protéines dans la voie d'acheminement, ou d'une modification de l'activité des protéines dans la voie d'acheminement. L'invention concerne en outre des procédés de mise au point de médicament fondés sur les techniques d'identification de voies d'acheminement biologiques de l'action médicamenteuse, et des procédés pour représenter les voies d'acheminement biologiques contribuant à l'effet d'un changement environnemental sur une cellule.
Friend Stephen H.
Stoughton Roland
Osler Hoskin & Harcourt Llp
Rosetta Inpharmatics Inc.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2003783