C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/00 (2006.01)
Patent
CA 2336546
A method of determining the presence and identity of a variation in a nucleotide sequence between a first polynucleotide and a second polynucleotide comprising, first, providing a sample of the first polynucleotide and selecting a region of the first polynucleotide potentially containing the variation. Then, the selected region is subjected to a template producing amplification reaction to produce a plurality of double stranded polynucleotide templates which include the selected region. Next, a family of labeled, linear polynucleotide fragments is produced from both strands of the template simultaneously by a fragment producing reaction using a set of primers. Then, the location and identity of at least some of the bases in the selected region of the first polynucleotide is determined using the labels present in the fragments. Next, the location and identity of the bases determined is compared with the location and identity of bases from a second polynucleotide, thereby identifying the presence and identity of a variation in a nucleotide sequence between the selected region of the first polynucleotide and a corresponding region of the second polynucleotide.
L'invention concerne un procédé relatif à la détermination de la présence et de l'identité d'une variation de séquence nucléotidique entre un premier polynucléotide et un second polynucléotide, qui comprend les étapes décrites ci-après. Premièrement, on fournit un échantillon du premier polynucléotide et on sélectionne une zone de ce polynucléotide qui renferme potentiellement la variation. Deuxièmement, on applique à la zone sélectionnée une matrice entraînant une réaction d'amplification, de manière à produire plusieurs matrices polynucléotidiques double brin renfermant la zone sélectionnée. Troisièmement, on établit une famille de fragments polynucléotidiques linéaires marqués, simultanément à partir des deux brins de la matrice, par le biais d'une réaction productrice de fragments faisant appel à une série d'amorces. Ensuite, on détermine l'emplacement et l'identité d'au moins certaines bases dans la zone sélectionnée du premier polynucléotide en utilisant les marqueurs présents dans les fragments. Enfin, on détermine l'emplacement et l'identité des bases par comparaison avec l'emplacement et l'identité des bases du second polynucléotide, ce qui permet d'identifier la présence et l'identité d'une variation de séquence nucléotidique entre la zone sélectionnée du premier polynucléotide et une zone correspondante du second polynucléotide.
Dawson Elliott P.
Phillips John Atlas III
Bereskin & Parr
Bioventures Inc.
Vanderbilt University
LandOfFree
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