Method for clustering sequences in groups

Details Method for clustering sequences in groups Method for clustering sequences in groups

G - Physics

06

F

G06F 17/30 (2006.01)

Patent

CA 2305318

In order to cluster sequences to biological groups, the conventional databank search programs are iteratively called in with a view to clustering various related sequences to one determined protein sequence. The inventive method enables full automatic distribution of a high number of protein sequences in groups. The major part of such groups are segregated, so that they represent a meaningful and valid grouping of data.

Pour le regroupement de séquences par familles biologiques, on appelle en mode itératif les programmes traditionnels de survol des banques de données afin de convertir plusieurs séquences apparentées en une séquence protéinique déterminée. La méthode proposée permet une répartition entièrement automatique d'un grand nombre de séquences protéiniques en groupes. La majeure partie de ces groupes sont dissociés les uns des autres et représentent donc un regroupement de données rationnel et valable. La méthode en question se caractérise en ce qu'elle requiert un temps de calcul extrêmement court du fait qu'il n'est plus nécessaire de comparer chaque séquence séparément avec chaque autre.

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