Structure-based methods for assessing amino acid variances

Details Structure-based methods for assessing amino acid variances Structure-based methods for assessing amino acid variances

G - Physics

06

F

G06F 17/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)

Patent

CA 2410726

Variance modeling and prediction methods that are useful for assessing whether an amino acid variation at a selected amino acid residue in a protein of interest is likely (or is not likely) to have an effect on the protein (e.g., alter a biological activity of the protein) are described. The methods can be used to generate a structural model or models of all or a part of the protein of interest, assess the quality of the structural model, and evaluate the potential functional consequences of an amino acid variation. The methods achieve these goals by considering certain functional, structural, and phylogenetic features of specific amino acid residues.

L'invention concerne des méthodes de modélisation et de prévision de variations, servant à déterminer si la variation d'un acide aminé dans un résidu sélectionné de l'acide aminé dans une protéine d'intérêt est susceptible (ou pas) d'avoir un effet sur la protéine (par exemple, d'altérer une activité biologique de la protéine). Ces méthodes peuvent être utilisées pour générer un modèle ou des modèles structurels de toute ou d'une partie de la protéine d'intérêt, évaluer la qualité du modèle structurel, et évaluer les conséquences fonctionnelles potentielles de la variation d'un acide aminé. Ces méthodes permettent d'atteindre ces objectifs en tenant compte de certaines caractéristiques fonctionnelles, structurelles et phylogénétiques de résidus d'acides aminés spécifiques.

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