C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/70 (2006.01)
Patent
CA 2725643
An embodiment of a method for detecting low frequency occurrence of one or more HIV sequence variants associated with drug resistance is described that comprises the steps of: generating cDNA species from each RNA molecule in an HIV sample population; amplifying at least one first amplicon from the cDNA species, wherein each first amplicon comprises a plurality of amplified copies and is amplified with a pair of nucleic acid primers that define a locus of the first amplicon; clonally amplifying the amplified copies of the first amplicons to produce a plurality of second amplicons wherein a plurality of the second amplicons comprise an immobilized population of substantially identical copies from one of the amplified copies of first amplicons; determining a nucleic acid sequence composition of the substantially identical copies from at least 100 of the immobilized populations in parallel on a single substrate; and detecting one or more sequence variants that occur at a frequency of 5% or less in the nucleic acid sequence composition of the at least 100 immobilized populations; and correlating the detected sequence variants with variation associated with HIV tropism.
L'invention porte sur un mode de réalisation d'un procédé pour la détection de la présence à faible fréquence d'un ou plusieurs variants de séquence du VIH associés à la résistance aux médicaments, lequel procédé consiste : à générer une espèce d'ADNc à partir de chaque molécule d'ARN dans une population d'échantillons de VIH ; à amplifier au moins un premier amplicon à partir de l'espèce d'ADNc, chaque premier amplicon renfermant une pluralité de copies amplifiées et étant amplifié avec une paire d'amorces dacides nucléiques qui définissent un locus du premier amplicon ; à amplifier par clonage les copies amplifiées des premiers amplicons pour produire une pluralité de seconds amplicons, une pluralité des seconds amplicons renfermant une population immobilisée de copies pratiquement identiques à partir de l'une des copies amplifiées des premiers amplicons ; à déterminer une composition de séquence d'acide nucléique des copies pratiquement identiques à partir d'au moins 100 des populations immobilisées en parallèle sur un seul substrat ; et à détecter un ou plusieurs variants de séquence qui sont présents à une fréquence inférieure ou égale à 5 % dans la composition de séquence d'acide nucléique desdites au moins 100 populations immobilisées ; et à corréler les variants de séquence détectés avec une variation associée au tropisme du VIH.
Simen Birgitte Binderup
St. John Elizabeth Patricia
F. Hoffmann-La Roche Ag
Ogilvy Renault Llp/s.e.n.c.r.l.,s.r.l.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2072051