C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2687804
Disclosed are methods for identifying double-stranded nucleic acid protein binding sites and double-stranded nucleic acid binding proteins. The method can include contacting a sample with at least one partially double-stranded nucleic acid probe under conditions that permit binding of double-stranded binding proteins and partially double-stranded nucleic acid probes. In particular examples, the partially double-stranded nucleic acid probes include a first portion of single-stranded nucleic acid at least about 15 nucleotides in length with a unique index sequence and a second portion of double-stranded nucleic acid greater than about 8 base pairs in length with a potential binding site for a double-stranded nucleic acid binding protein. The protein bound partially double-stranded nucleic acid probe can then be isolated and detected by hybridization to a nucleic acid indexing probe. Also disclosed are kits and devices for carrying out the methods.
La présente invention concerne des procédés permettant d'identifier des sites de liaison entre les protéines et les acides nucléiques bicaténaires et des protéines liant les acides nucléiques bicaténaires. Le procédé peut consister à mettre en contact un échantillon avec au moins une sonde d'acides nucléiques partiellement bicaténaires dans des conditions qui permettent de lier les protéines de liaison bicaténaires et les sondes d'acides nucléiques partiellement bicaténaires. Dans des exemples précis, les sondes d'acides nucléiques partiellement bicaténaires comprennent une première région composée d'acides nucléiques monocaténaires d'une longueur d'au moins 15 nucléotides avec une séquence d'index unique et une seconde région d'acides nucléiques bicaténaires dont la longueur dépasse près de 8 paires de base avec un site de liaison potentiel pour une protéine de liaison d'acides nucléiques bicaténaires. La sonde d'acides nucléiques partiellement bicaténaires liée à la protéine peut ensuite être isolée et détectée par hybridation avec une sonde d'indexage d'acides nucléiques. De plus, l'invention porte aussi sur des kits et des dispositifs permettant d'appliquer ces procédés.
Mathers William
Ye Zheng
Oregon Health & Science University
Smart & Biggar
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-2084000