A 3'-based sequencing approach for microarray manufacture

Details A 3'-based sequencing approach for microarray manufacture A 3'-based sequencing approach for microarray manufacture

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2694281

Methods are described to derive design sequences for the production of nucleic acid microarrays. The present methods use high throughput 3 'sequencing of transcripts in a tissue sample or diseased state to design probes for nucleic acid microarrays. Also described are nucleic acid microarrays that possess probes directed to the extreme 3' end of transcripts in a tissue. These microarrays preferably represent alternate polyadenylation sequences that are specific to the tissue from which the transcripts are derived. Also described are methods of using the microarrays directed to the extreme 3' end of the transcript for evaluating gene expression in a tissue where there are reduced false positive and false negative results.

La présente invention concerne des procédés permettant d'obtenir des séquences modèles pour la production de microréseaux d'acides nucléiques. Les procédé selon l'invention utilisent un séquençage 3' de haut rendement de transcrits dans un échantillon de tissu ou d'état malade pour la conception de sondes pour des microréseaux d'acides nucléiques. L'invention concerne également des microréseaux d'acides nucléiques comprenant des sondes dirigées vers l'extrémité 3' de transcrits dans un tissu. Ces microréseaux représentent de préférence des séquences de polyadénylation de substitution qui sont spécifiques au tissu à partir duquel les transcrits sont dérivés. L'invention concerne en outre des procédés d'utilisation de microréseaux dirigés vers l'extrémité 3' du transcrit pour évaluer l'expression génétique dans un tissu où existent des résultats faux positifs et faux négatifs réduits.

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