G - Physics – 06 – N
Patent
G - Physics
06
N
G06N 3/12 (2006.01)
Patent
CA 2399694
A computational method that makes use of DNA molecules is disclosed. The method can be summarized as follows. First, a set of DNA molecules representing (by their sequences) all possible assignments to all variables of a given computational problem is generated (this is the so-called combinatorial library of the problem). Second, all the DNA molecules representing assignments which do not correspond to solutions of the problem are inactivated (blocked) for reproduction or detection. Finally, one has to check only whether any active (non-blocked) molecules remain: a solution of the problem exists if and only if any such molecules remain. In principle this allows to solve computationally difficult problems. We illustrate our method by outlining a solution for the famous satisfiability problem using both a polymerase chain reaction (PCR) method and a fluorescent quenching assay.
L'invention concerne une méthode computationnelle mettant en oeuvre des molécules d'ADN. Cette méthode peut se résumer comme suit : d'abord, on génère un ensemble de molécules d'ADN représentant, par leur séquence, toutes les assignations possibles à toutes les variables d'un problème computationnel donné (on appelle cela la bibliothèque combinatoire du problème). En suite, toutes les molécules d'ADN représentant les assignations qui ne correspondent pas à des solutions du problème sont inactivées (bloquées) pour la reproduction ou la détection. Enfin, on vérifie uniquement s'il reste des molécules actives (non bloquées). Une solution du problème existe si et seulement s'il reste au moins une de ces molécules. En principe, ceci permet de résoudre des problèmes difficiles par le calcul. Cette méthode est illustrée par une ébauche d'une solution du célèbre problème de satisfaisabilité en utilisant une méthode de réaction en chaîne de la polymérase (PCR) et par une analyse d'extinction de fluorescence.
Rozenberg Grzegorz
Spaink Herman Pieter
Borden Ladner Gervais Llp
Universiteit Leiden
LandOfFree
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