A cascade nucleic acid amplification reaction

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – P

Patent

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Details

C12P 19/34 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01)

Patent

CA 2239287

A DNA template consisting of multiple tandem repetitions of an oligonucleotide unit is produced by stepwise copying of an oligonucleotide comprising at least one and a half units of a nucleotide sequence showing dyad symmetry by means of a template--and primer-dependent DNA polymerase in the presence of the necessary nucleoside triphosphates during repeated cycles of denaturation and annealing, or by endless copying of a circular oligonucleotide comprising at least one copy of said oligonucleotide unit by means of a nucleic acid polymerase, which is capable of strand displacement and is substantially without 5'-3' exonuclease activity, in the presence of the necessary nucleoside triphosphates and, if necessary, a primer capable of binding to some portion of the oligonucleotide, or by known reactions. Thereafter, in a cascade nucleic acid amplification reaction, a great number of partial and complete DNA or RNA copies of said DNA template is produced by means of a nucleic acid polymerase, which is capable of strand displacement and is substantially without 5'-3' exonuclease activity, by contacting the template with said nucleic acid polymerase in the presence of the necessary nucleoside triphosphates and, if necessary, a primer capable of binding to the oligonucleotide unit, the polymerase thus synthesizing DNA or RNA originating from, ideally, each repeating oligonucleotide unit in the DNA template. These reactions can be used in methods for detecting a target molecule or group and in processes for the amplification of a particular DNA sequence.

On produit une matrice d'ADN constituée de répétitions multiples en tandem d'une unité nucléotidique, soit par duplication séquentielle d'un oligonucléotide comprenant au moins une unité et demi d'une séquence nucléotidique présentant une symétrie dyadique par le biais d'une polymérase d'ADN dépendante de la matrice et de l'amorce en présence des triphosphates de nucléoside nécessaires durant des cycles répétés de dénaturation et de renaturation, soit par duplication sans fin d'un oligonucléotide circulaire, comportant au moins une copie de ladite unité oligonucléotidique, par le biais d'une polymérase d'acide nucléique, capable de déplacement de toron et se trouvant sensiblement dépourvu d'activité d'exonucléase 5'-3', en présence des triphosphates de nucléoside nécessaires et, le cas échéant, d'une amorce à même de se lier à une certaine partie de l'oligonucléotide, soit encore par le truchement de réactions connues. On produit, par la suite, dans une réaction d'amplification en cascade d'acide nucléique, un grand nombre de copies d'ADN ou d'ARN, partielles et complètes, de ladite matrice d'ADN par le biais d'une polymérase d'acide nucléique, capable de déplacement de toron et se trouvant sensiblement dépourvu d'activité d'exonucléase 5'-3', en mettant en contact la matrice avec ladite polymérase d'acide nucléique en présence des triphosphates de nucléoside nécessaires et, le cas échéant, d'une amorce à même de se lier à l'unité oligonucléotidique, la polymérase synthétisant ainsi un ADN ou un ARN issu, idéalement, de chaque unité oligonucléotidique récurrente dans la matrice d'ADN. Il est possible de faire intervenir ces réactions dans des procédés de détection de molécule ou de groupe cibles ainsi que dans des procédés d'amplification d'une séquence particulière d'ADN.

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