C - Chemistry – Metallurgy – 40 – B
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
40
B
C40B 30/02 (2006.01) G06F 19/24 (2011.01) C12Q 1/68 (2006.01) C40B 40/08 (2006.01) C40B 40/10 (2006.01) C40B 50/02 (2006.01) G06N 3/08 (2006.01)
Patent
CA 2548496
The present invention relates to a versatile method of identifying protein coding DNA sequences (genes) useful as drug targets in a genome using specially developed software GeneDecipher, said method comprising steps of generating peptide libraries from the known genomes with peptide of length ~N~ computationally arranged in an alphabetical order, artificially translating the test genome to obtain a polypeptide corresponding to each reading frame, converting each polypeptide sequence into an alphanumeric sequence one corresponding to each reading frame on the basis of overlappings with the peptide libraries, training Artificial Neural Network (ANN) with sigmoidal learning function to the alphanumeric sequence, deciphering the protein coding regions in the test genome, thus, identifying longer streches of peptides mapping to large number of known genes and their corresponding proteins and lastly, a method of the management of the diseases caused by the pathogenic organisms comprising a step of evaluation of the proposed drug candidate by inhibiting the functioning of one or more proteins identified by the steps of the invention.
La présente invention se rapporte à un procédé polyvalent permettant l'identification de séquences d'ADN codant des protéines (gènes) et utilisables comme cibles médicamenteuses dans sa génome à l'aide d'un logiciel élaboré à cet effet et appelé GeneDecipher. Ledit procédé consiste à constituer des banques de peptides à partir des génomes connus ayant un peptide de longueur N' et disposés par voie informatique en ordre alphabétique, à réaliser la traduction artificielle du génome test afin d'obtenir un polypeptide correspondant à chaque cadre de lecture, à transformer chaque séquence polypeptidique en une séquence alphanumérique dont une correspond à chaque cadre de lecture en fonction des chevauchements avec les banques de peptides, à réaliser l'apprentissage d'un réseau neuronal artificiel (ANN) ayant une fonction d'apprentissage sigmoïdale à la séquence alphanumérique, à déchiffrer les régions de codage de protéines dans le génome test, et à identifier ainsi des tronçons plus longs de peptides correspondant à un nombre important de gènes connus et à leurs protéines correspondantes. La présente invention se rapporte également à un procédé de gestion de maladies provoquées par des organismes pathogènes, consistant à évaluer le médicament candidat proposé par inhibition du fonctionnement d'une ou plusieurs protéines identifiées au moyen des étapes de l'invention.
Brahmachari Samir Kumar
Dash Debasis
Maheshwari Jitendra Kumar
Sharma Ramakant
Council Of Scientific And Industrial Research
Ridout & Maybee Llp
LandOfFree
A computer based versatile method for identifying protein... does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with A computer based versatile method for identifying protein..., we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and A computer based versatile method for identifying protein... will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1409785