C - Chemistry – Metallurgy – 12 – N
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
N
C12N 15/67 (2006.01)
Patent
CA 2657975
The present invention relates to methods of optimization of a protein coding sequences for expression in a given host cell. The methods apply genetic algorithms to optimise single codon fitness and/or codon pair fitness sequences coding for a predetermined amino acid sequence. In the algorithm generation of new sequence variants and subsequent selection of fitter variants is reiterated until the variant coding sequences reach a minimum value for single codon fitness and/or codon pair fitness. The invention also relates to a computer comprising a processor and memory, the processor being arranged to read from and write into the memory, the memory comprising data and instructions arranged to provide the processor with the capacity to perform the genetic algorithms for optimisation of single codon fitness and/or codon pair fitness. The invention further relates to nucleic acids comprising a coding sequence for a predetermined amino acid sequence, the coding sequence being optimised with respect to single codon fitness and/or codon pair fitness for a given host in the methods of the invention, to host cells comprising such nucleic acids and to methods for producing polypeptides and other fermentation products in which these host cells are used.
La présente invention concerne des procédés destinés à optimiser des séquences codantes pour une protéine destinées à l'expression dans une cellule hôte donnée. Les procédés appliquent des algorithmes génétiques afin d'optimiser les séquences compatibles de codons uniques et/ou de paires de codons codant pour une séquence d'acides aminés prédéfinie. Dans l'algorithme, on réitère la génération de nouvelles variantes de séquences, suivie de la sélection des variantes les plus compatibles, jusqu'à ce que les variantes de séquences codantes atteignent une valeur minimale pour la compatibilité de codons uniques et/ou la compatibilité de paires de codons. L'invention concerne également un ordinateur comprenant un processeur et une mémoire, le processeur étant conçu pour réaliser des opérations de lecture et d'écriture sur la mémoire, la mémoire comprenant des données et des instructions conçues pour doter le processeur de la capacité d'exécuter les algorithmes génétiques destinés à optimiser la compatibilité de codons uniques et/ou la compatibilité de paires de codons. L'invention concerne en outre des acides nucléiques comprenant une séquence codante pour une séquence d'acides aminés prédéfinie, la séquence codante étant optimisée en ce qui concerne la compatibilité de codons uniques et/ou la compatibilité de paires de codons pour un hôte donné dans les procédés selon l'invention, la compatibilité des cellules hôtes comprenant de tels acides nucléiques et des procédés destinés à produire des polypeptides et autres produits de fermentation dans lesquels ces cellules hôtes sont utilisées.
Peij Van Noel Nicolaas Maria Elisabeth
Roubos Johannes Andries
Dsm Ip Assets B.v.
Smart & Biggar
LandOfFree
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