A method for in vitro molecular evolution of protein function

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – N

Patent

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C12N 15/10 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2630183

The invention provides a method for generating a polynucleotide sequence or population of sequences from parent polynucleotide sequences, the method comprising the steps of (a) providing a first population of polynucleotide molecules and a second population of polynucleotide molecules, the first and second populations together constituting plus and minus strands of parent polynucleotide sequences, (b) digesting the first and second populations of polynucleotide molecules with a nuclease to generate polynucleotide fragments, (c) contacting said polynucleotide fragments generated from the plus strands with fragments generated from the minus strands and (d) amplifying the fragments that anneal to each other to generate at least one polynucleotide sequence encoding one or more protein motifs having an altered amino acid sequence as compared to those encoded by the parent polynucleotides, wherein the degree of sequence variability in a selected region of the at least one polynucleotide molecule produced in step (d) is controlled by the addition of one or more oligonucleotides of predetermined variability, which oligonucleotides anneal to a sequence that lies between, but excludes, the 3' or 5' terminal nucleotide of the parent polynucleotide molecule. The invention also provides polynucleotides obtained by the method of the invention and polypeptides encoded by the same.

L'invention porte sur un procédé de création d'une séquence de polynucléotide ou d'une population de telles séquences a partir de séquences parentes de polynucléotide, comportant les étapes suivantes: (a) sélection d'une première population de molécules de polynucléotide et d'une deuxième population de molécules qui constituent ensemble les brins plus et moins de séquences parentes de polynucléotide, (b) digestion de la première et de la deuxième population de ces molécules par une nucléase pour produire des fragments de polynucléotide, (c) mise en contact des fragments produits par les brins plus avec les fragments produits par les brins moins, et (d) amplification des fragments qui s'hybrident les uns aux autres pour créer au moins une séquence de polynucléotide codant pour un ou plusieurs motifs de protéine présentant une séquence d'acide aminé, modifiés par rapport à ceux codés par les polynucléotides parents. Le degré de variabilité des séquences dans une région sélectionnée d'au moins une des molécule de polynucléotide produite à l'étape (d) est régulé par l'adjonction d'un ou de plusieurs oligonucléotides de variabilité prédéterminée, lesdits oligonucléotides s'hybridant à une séquence comprise entre les nucléotides terminaux 3' ou 5' de la molécule parente de polynucléotide. L'invention porte également sur des polynucléotides obtenus par ledit procédé et sur des polypeptides codés par eux.

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