C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/11 (2006.01)
Patent
CA 2417419
The present invention relates generally to a method for detecting, enumerating and/or identifying microorganisms in a sample. More particularly, the present invention provides a method for determining total microbial content in a sample by detecting the presence of nucleotide sequences associated with all or part of 16S rDNA or its corresponding 16S rRNA or its homologue, functional equivalent or derivative. The nucleotide sequences of the present invention may be used as an indicator of any microorganism and, hence, represents a universal target sequence which is indicative of total microbial content in a sample. The universal target sequence may also be varied to render same genus or species specific or the universal target used to trap microbial DNA or RNA which may be subsequently analyzed by sequence analysis or genetic probe technology. The universal target sequence is useful inter alia to design as universal primers and probes to amplify any microbial-derived genomic sequence, as a means to detect and enumerate total microorganisms and to identify microorganisms in a sample at the genus or species level. Such uses enable improved methods of enviroprotection, bioremediation, medical diagnosis and industrial microbiology. The present invention further relates to the universal target sequence in isolated form and/or primers or probes capable of hybridizing to same and kits for the detection of total microbial content in a sample.
L'invention concerne en générale un procédé de détection, de dénombrement et/ou d'identification de micro-organismes, dans un échantillon, et elle concerne notamment un procédé de détermination du contenu microbien total d'un échantillon, par détection de la présence de séquences nucléotidiques associées avec tout ou partie de l'ADNr 16S ou de son ARNr 16S correspondant, ou de son homologue, équivalent fonctionnel ou dérivé. Les séquences nucléotidiques de l'invention peuvent être utilisées en tant qu'indicateur de tout micro-organisme et elles représentent donc une séquence cible universelle indiquant le contenu microbien total d'un échantillon. Cette séquence cible universelle peut également être modifiée pour rendre spécifique le même genre ou la même espèce, ou la cible universelle utilisée pour piéger l'ADN ou l'ARN microbien, lequel peut ensuite être analysé à l'aide d'une analyse de séquences ou d'une technologie de sondes génétiques. La séquence cible universelle est utile, entre autres, pour mettre au point en tant qu'universelles, des amorces et sondes servant à amplifier toute séquence génomique dérivée d'un contenu microbien, ainsi qu'en tant que moyen de détection et de dénombrement de tous les micro-organismes, et d'identification de ces micro-organismes, dans un échantillon, au niveau du genre ou de l'espèce de ceux-ci. De telles utilisations permettent d'obtenir des procédés perfectionnés de protection de l'environnement, de biorestauration, de diagnostic médical et de microbiologie industrielle. L'invention concerne encore la séquence cible universelle, sous forme isolée, et/ou des amorces ou sondes capables de s'hybrider à cette séquence, ainsi que des trousses de détection du contenu microbien total d'un échantillon.
Hunter Neil
Jacques Nicholas Anthony
Martin Fjelda Elizabeth
Nadkarni Mangala Aniruddha
Bereskin & Parr Llp/s.e.n.c.r.l.,s.r.l.
University Of Sydney
LandOfFree
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