A method of sequencing short oligonucleotides

Details A method of sequencing short oligonucleotides A method of sequencing short oligonucleotides

C - Chemistry, Metallurgy

12

Q

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2180722

Disclosed is a method for determining the nucleotide sequence of a target oligonucleotide. In this method a single-stranded ligation product is prepared which contains a target oligonucleotide-to-be-sequenced and an auxiliary oligonucleotide. A primer complementary to a portion of the auxiliary oligonucleotide and having a label covalently attached thereto is annealed to the auxiliary oligonucleotide portion of the ligation product. the primer is extended with chain-extending nucleoside triphosphates and chain-terminating nucleoside triphosphates in the presence of a polymerase to yield a plurality of primer extension products. These extension products are then separated on the basis of thenr base length; and the nucleoside sequence of the target oligonucleotide is determined from the mobilities of the primer extension products obtained during their separation.

Procédé de détermination de la séquence nucléotidique d'un oligonucléotide cible, selon lequel on prépare un produit de ligature à simple brin qui contient un oligonucléotide cible à séquencer et un oligonucléotide auxiliaire. Une amorce complémentaire d'une partie de l'oligonucléotide auxiliaire, possédant une étiquette attachée de manière covalente, est attachée en anneau à la partie oligonucléotide auxiliare du produit de ligature. L'amorce est allongée à l'aide de triphosphates nucléosides d'allongement de chaîne et de triphosphates nucléosides de terminaison de chaîne en présence d'une polymérase pour obtenir une pluralité de produits d'allongement d'amorce. Ces produits d'allongement sont ensuite séparés sur la base de leur longueur de base et la séquence de nucléosides de l'oligonucléotide cible est déterminée à partir des mobilités des produits d'allongement d'amorce obtenues pendant leur séparation.

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