G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/00 (2006.01) C07K 14/415 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) C12N 15/29 (2006.01) C12P 19/34 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2401256
This invention relates to a process for constructing DNA-based molecular markers in plants comprising: identifying and selecting the gene sequences relating to stress from available database and literature; submitting the selected gene sequence for similarity search to obtain other sequences from the database similar to the selected gene sequence; subjecting the sequences obtained from similarity search to multiple alignment; removing redundant sequences if any, to get a data set of proteins involved in biotic and abiotic stress response; picking blocks or motifs from the data set of proteins on basis of statistical significance; subjecting the data set of proteins to Blockmaker to pick the same set of blocks or motifs; analysing the motifs for the functionality.
L'invention concerne un procédé de construction de marqueurs moléculaires à base d'ADN dans des plantes. Ce procédé consiste à identifier et sélectionner les séquences génétiques liées au stress à partir des bases de données et de la littérature disponibles, à soumettre la séquence génétique sélectionnée à une recherche de similarité de manière à obtenir d'autres séquences à partir de la base de données similaires à la séquence génétique sélectionnée, à soumettre les séquences obtenue par cette recherche de similarité à un alignement multiple, à éliminer les éventuelles séquences redondantes de façon à obtenir un ensemble de données de protéines impliquées dans la réponse au stress biotique et abiotique, à choisir des blocs ou des motifs à partir de cet ensemble de données de protéines sur la base de l'importance statistique, à soumettre l'ensemble de données de protéines à un programme de construction de blocs (Blockmaker) pour choisir le même ensemble de blocs ou de motifs, et à analyser les motifs afin d'en déterminer la fonctionnalité.
Jagannathan Vidya
Morawala Patell Villoo
Avestha Gengraine Technologies Pvt. Ltd.
Blake Cassels & Graydon Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1375717