G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/68 (2006.01) G01N 33/00 (2006.01) G01N 33/537 (2006.01)
Patent
CA 2407703
In proteomic research, it is often necessary to screen a large number of polypeptides for the presence of stable structure. Described, herein, are methods (referred to as MALDI MS-HX and SUPREX) for measuring the stability of proteins in a rapid high-throughput fashion. The method employs hydrogen exchange to estimate the stability of quantities of unpurified protein extracts, using matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) mass spectrometry. A method of quantitatively determining the stability of a test protein under native conditions is disclosed. The method includes the steps of (a) providing a test protein; (b) contacting the protein with an exchange buffer comprising a denaturant and deuterium, the exchange buffer having a denaturant concentration; (c) contacting the protein with a mass spectrometry matrix medium; (d) determining a change in mass of the test protein by mass spectrometry; (e) varying the denaturant concentration of the exchange buffer; (f) repeating steps (a)-(e) a desired number of times; and (g) quantitatively determining protein stability based on the change in mass of the test protein as a function of denaturant concentration, whereby the stability of a test protein under the native conditions is quantitatively determined.
Dans le domaine de la recherche protéomique, il est souvent nécessaire de cribler un grand nombre de polypeptides pour déterminer la présence d'une structure stable. Cette invention concerne des méthodes (désignées sous le nom de MALDI MS-HX et SUPREX) permettant d'effectuer des mesures rapides et à haut rendement de la stabilité de protéines. Cette invention concerne une méthode faisant appel à l'échange d'hydrogène afin d'estimer la stabilité de quantités d'extraits de protéines non purifiés, au moyen d'une spectrométrie de masse par désorption-ionisation laser assistée par matrice (MALDI). Cette invention concerne également une méthode permettant de déterminer quantitativement la stabilité d'une protéine test en conditions natives. Cette méthode consiste : (a) à obtenir une protéine test; (b) à mettre cette protéine en contact avec un tampon d'échange contenant un dénaturant et du deutérium, le tampon d'échange présentant une concentration de dénaturant; (c) à mettre la protéine test en contact avec un milieu matriciel de spectrométrie de masse; (d) à déterminer par spectrométrie de masse un changement de masse chez la protéine test; (e) à modifier la concentration de dénaturant du tampon d'échange; (f) à recommencer les étapes (a)-(e) autant de fois que souhaité; et (g) à déterminer quantitativement la stabilité de la protéine sur la base du changement de masse de la protéine test en fonction de la concentration de dénaturant, ce qui permet de déterminer quantitativement la stabilité d'une protéine test en conditions natives.
Fitzgerald Michael C.
Ghaemmaghami Sina
Oas Terrance G.
Powell Kendall D.
Duke University
Ogilvy Renault Llp/s.e.n.c.r.l.,s.r.l.
LandOfFree
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