A system and method for managing gene expression data

Details A system and method for managing gene expression data A system and method for managing gene expression data

G - Physics

01

N

G01N 33/48 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01)

Patent

CA 2440035

The present invention pertain to a system and method of analyzing gene expression, gene annotation, and sample information in a relational format supporting efficient exploration and analysis, comprising: providing data warehouse which comprises a gene expression database for storing quantitative gene expression measurements for tissues and cell lines screened using various assays; a clinical database for storing information on bio-samples and donors; and a fragment index for biological properties for DNA fragments; receiving a query regarding gene expression of one or more DNA fragments; determining the level of gene expression of the one or more DNA fragments; correlating the level of gene expression with the clinical database and the fragment index; and displaying the results of said correlation.

L'invention concerne un système et un procédé servant à analyser l'expression d'un gène, l'annotation de ce gène et l'information d'échantillonnage dans un format relationnel supportant une exploration et une analyse efficaces, ce qui consiste à: mettre en application un dépôt de données comprenant une base de données d'expression génique servant à stocker des mesures quantitatives d'expression génique pour des tissus et des lignées cellulaires criblés au moyen de différents essais, une base de données cliniques servant à mémoriser des informations concernant des spécimens biologiques et de donneurs, ainsi qu'un index des propriétés biologiques de fragments d'ADN; recevoir une demande concernant l'expression génique d'un ou plusieurs fragments d'ADN; déterminer le niveau de l'expression génique de ces fragments d'ADN; mettre en corrélation le niveau d'expression génique avec la base de données clinique et l'index de fragments et afficher les résultats de ladite corrélation.

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