C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01)
Patent
CA 2356697
The present invention is directed to a method of assembling genomic maps of an organism's DNA or portions thereof. A library of an organism's DNA is provided where the individual genomic segments or sequences are found on more than one clone in the library. Representations of the genome are created, and nucleic acid sequence information is generated from the representations. The sequence information is analyzed to determine clone overlap from a representation. The clone overlap and sequence information from different representations is combined to assemble a genomic map of the organism. Once the genomic map is obtained, genomic sequence information from multiple individuals can be applied to the map and compared with one another to identify single nucleotide polymorphisms. These single nucleotide polymorphisms can be detected, and alleles quantified, by conducting (1) a global PCR amplification which creates a genome representation, and (2) a ligation detection reaction process whose ligation products are captured by hybridization to a support.
L'invention concerne un procédé pour assembler des cartes génomiques de l'ADN d'un organisme ou des parties de celui-ci. On fournit une bibliothèque de l'ADN d'un organisme dans laquelle on trouve plusieurs clones comportant des séquences ou des segments génomiques individuels. On crée des représentations du génome, et l'on génère des informations sur la séquence d'acides nucléiques à partir de ces représentations. On analyse les informations relatives aux séquences pour déterminer le chevauchement des clones à partir d'une représentation. On combine le chevauchement des clones et les informations sur la séquence provenant des représentations différentes pour assembler une carte génomique de l'organisme. Une fois la carte génomique obtenue, les informations sur la séquence génomique provenant de différents individus peuvent être appliquées à la carte et comparées les unes avec les autres afin d'identifier les polymorphismes d'un nucléotide unique. On peut détecter ces polymorphismes de nucléotide unique et quantifier les allèles en effectuant (1) une amplification PCR globale qui crée une représentation du génome et (2) une réaction de détection de ligature, les produits de la ligature étant captées par hybridation sur un support.
Barany Francis
Gerry Norman P.
Kirk Brian W.
Liu Jianzhao
Paty Philip B.
Cornell Research Foundation Inc.
Gowling Lafleur Henderson Llp
Sloan-Kettering Institute For Cancer Research
LandOfFree
Accelerating identification of single nucleotide... does not yet have a rating. At this time, there are no reviews or comments for this patent.
If you have personal experience with Accelerating identification of single nucleotide..., we encourage you to share that experience with our LandOfFree.com community. Your opinion is very important and Accelerating identification of single nucleotide... will most certainly appreciate the feedback.
Profile ID: LFCA-PAI-O-1761861