G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/68 (2006.01) C07D 405/12 (2006.01) G01N 33/532 (2006.01) G01N 33/58 (2006.01) G01N 30/46 (2006.01) G01N 30/72 (2006.01)
Patent
CA 2426731
The method of the invention provides novel compounds, termed acid-labile isotope-coded extractants (ALICE), for quantitative mass spectrometric analysis of protein mixtures. The compounds contain a thiol-reactive group that is used to capture cysteine-containing peptides from all peptide mixtures, an acid-labile linker, and a non-biological polymer. One of the two acid-labile linkers is isotopically labeled and therefore enables the direct quantitation of peptides/proteins through mass spectrometric analysis. Because no functional proteins are required to capture peptides, a higher percentage of organic solvent can be used to solubilize the peptides, particularly hydrophobic peptides, through the binding, washing and eluting steps, thus permitting much better recovery of peptides. Moreover, since the peptides are covalently linked to the non-biological polymer (ALICE), more stringent washing is allowed in order to completely remove non-specifically bound species. Finally, peptides captured by ALICE are readily eluted from the polymer support under mild acid condition with high yield and permit the direct down stream mass spectrometric analysis without any further sample manipulation. In combination with our novel dual column two dimensional liquid chromatography- mass spectrometry (2D-LC-MS/MS) design, the ALICE procedure proves to a general approach for quantitative mass spectrometric analysis of protein mixtures with better dynamic range and sensitivity.
La présente invention concerne de nouveaux composés, désignés agents d'extraction à code isotopique instable vis-à-vis de l'acide (ALICE) destinés à l'analyse spectrométrique de masse quantitative des mélanges de protéines. Les composés comprennent un groupe réactif au thiol utilisé pour la capture des peptides contenant de la cystéine à partir de mélanges de peptides, un lieur instable à l'acide, et un polymère non biologique. Un des deux lieurs instables à l'acide est isotopiquement marqué et permet donc la quantification directe des peptides/protéines par l'analyse spectrométrique de masse. Etant donné qu'il n'est pas nécessaire d'utiliser des protéines fonctionnelles pour la capture des peptides, on peut utiliser un pourcentage supérieur de solvant pour la solubilisation des peptides, notamment des peptides hydrophobes, grâce à des étapes de liaison, de lavage et d'élution, permettant ainsi une bien meilleure récupération des peptides. Par ailleurs, étant donné que les peptides sont liés par covalence au polymère non-biologique (ALICE), on peut effectuer un lavage plus rigoureux afin d'enlever complètement les espèces qui ne sont pas liées de manière spécifique. Enfin, on peut aisément effectuer l'élution des peptides capturés par ALICE à partir du support polymérique dans des conditions d'acidité moyenne avec un rendement élevé et ceci permet une analyse spectrométrique de masse directe en aval sans qu'une manipulation additionnelle d'échantillons ne soit nécessaire. En combinaison avec le nouveau concept de chromatographie liquide-spectrométrie de masse (2D-LC-MS/MS) bidimensionnelle à deux colonnes, le procédé ALICE constitue une approche globale à l'analyse spectrométrique de masse quantitative de mélanges de protéines présentant une meilleure dynamique de mesure et une meilleure sensibilité.
Hewick Rodney M.
Qiu Yongchang
Wang Jack H.
Genetics Institute Llc.
Norton Rose Or S.e.n.c.r.l. S.r.l./llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1464301