Algorithmic determination of connectrons

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01) C12N 1/20 (2006.01) C12N 5/00 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) C12N 15/11 (2006.01) C12N 15/63 (2006.01) C12Q 1/02 (2006.01)

Patent

CA 2410010

An algorithm has been developed to identify four DNA sequences of 20 bases or more that form a structure called a connectron. Two sequences C1 and C2 are expressed as RNA in the 3'UTR of some genes in many prokaryotic, archea and eukaryotic genomes. The other half of a connectron is two DNA sequences T1 and T2 that are 1kb to 105kb apart on the same chromosome. The C1 sequence is identical to the T1 sequence and the C2 sequence is identical to the T2 sequence. C1/C2 and T1-T2 can be on different chromosomes. The C1/C2 RNA sequence of the gene transcript forms a triple-stranded Hoogsteen helix with the double-stranded T1 and T2 DNA sequences. The formation of connectrons blocks expression of genes between T1 and T2.

On a développé un algorithme permettant d'identifier quatre séquences d'ADN de vingt bases ou plus qui forment une structure appelée connectron. Deux séquences C1 et C2 sont adjacentes, ces séquences étant exprimées sous forme d'ARN dans le 3'UTR de certains gènes dans plusieurs génomes eukaryotiques, archéens, et prokaryotiques. L'autre moitié de connectron est constituée de deux séquences D'ADN T1 et T2 se trouvant sur le même chromosome et dans la même plage distants l'un de l'autre d'environ 1kb à 105kb. La séquence C1 est identique à la séquence T1 et la séquence C2 est identique à la séquence T2. C1/C2 et T1/T2 peuvent se trouver sur des chromosomes différents. Les séquence d'ADN C1/C2 du produit de la transcription génique trouve les séquences d'ADN double brin de T1 et T2. L'ARN simple brin et l'ADN double brin forment ensuite une hélice Hoogsteen triple brin du type AN/ADN/ADN. Du fait que la séquence C1 est adjacente à la séquence C2, la séquence T1 est rendue spatialement adjacente à la séquence T2 dans une structure compacte en X. Des particules de chromatine particules forment des ensembles compacts de 30nm dans l'ADN entre T1 et T2, ce qui permet de supprimer les gènes d'intervention provenant de la promotion et de l'expression. Les connectrons permettent de supprimer des ensembles de gènes de l'expression et donc de moduler la conduite de plusieurs types de cellules.

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