Alignment-based similarity scoring methods for quantifying...

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)

Patent

CA 2234678

Methods for assigning a quantitative score to the relatedness of aligned polymorphic biopolymer sequences such that small differences between otherwise identical sequences are highlighted are disclosed, including computer systems and program storage devices for carrying out the methods on a computer. Specifically, the methods of the invention comprise the steps of providing a test sequence and a basis set of sequences such that the test sequence and a basis set of sequences are aligned; determining the identity of a monomer unit at a position m in the test sequence; assigning a value of 1 to a local matching probability xm if the monomer unit at position m in the test sequence matches any members of the basis set at position m, or, assigning a value of between 0 and 1 to a local matching probability xm if the monomer unit at position m in the test sequence does not match any members of the basis set at position m. In a preferred embodiment, the above method is performed at a plurality of sequence locations and the local matching probabilities are multiplied together to provide a global matching probability.

L'invention porte sur des procédés d'attribution d'un indice quantitatif de parenté entre des séquences alignées de biopolymères polymorphes permettant de mettre en évidence de petites différences entre des séquences sinon identiques, et sur les systèmes informatiques et les dispositifs de stockage de programmes permettant la mise en oeuvre informatisée desdits procédés. Ces procédés comprennent spécifiquement les étapes suivantes: recueillir une séquence d'essai et un ensemble de base de séquences qui sont disposés de manière à être alignés; déterminer l'identité d'un monomère en position m de la séquence d'essai; attribuer la valeur 1 à une probabilité locale de correspondance x¿m? lorsque le monomère en position m dans la séquence d'essai correspond à l'un des éléments de l'ensemble de base en position m, ou attribuer une valeur entre 0 et 1 à la probabilité locale de correspondance x¿m? lorsque le monomère en position m de la séquence d'essai ne correspond à aucun des éléments de l'ensemble de base en position m. Dans la variante préférée, le susdit procédé s'effectue pour différents emplacements de séquences, et les probabilités locales de correspondance sont multipliées entre elles pour fournir une probabilité globale de correspondance

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Profile ID: LFCA-PAI-O-1708018

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