C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07H 21/00 (2006.01)
Patent
CA 2225531
Methods for the use of a class of dyes for improved DNA sequencing are provided. A new class of dyes, BODIPY fluorophores, has been described recently. The parent heterocyclic molecule of the BODIPY fluorophores is a dipyrrometheneboron difluoride compound which is modified to create a broad class of spectrally-discriminating fluorophores. The present invention provides methods for the use of BODIPY fluorophore-labeled DNA for dye-primer sequencing in which the BODIPYs are attached to the 5' end of sequencing primers, methods for DNA sequencing by the chain termination method of DNA sequencing and for internal labelling of polynucleotides by enzymatic incorporation of fluorescently-labeled ribonucleotides or deoxyribonucleotides, and provides oligonucleotides labelled with substituted 4,4-difluoro-4-bora-3A,4A-diaza-s-indacene (BODIPYfluorophore) compounds for perfoming the Taqman assay. BODIPY fluorophores have improved spectral characteristics compared to conventional fluorescein and rhodamine dyes. BODIPY fluorophores have narrower band width, insensitivity to solvent or pH, and improved photostability, thus, BODIPY fluorophores lead to improved DNA sequencing and/or detection in any method where electrophoresis and detection of DNA is required. Additionally, the spectral properties of the BODIPY fluorophores are sufficiently similar in wavelength and intensity to be used with conventional equipment known in the art.
L'invention concerne des procédés d'utilisation d'une catégorie de colorants, afin d'améliorer le séquençage d'ADN. On a décrit récemment une nouvelle catégorie de colorants, les fluorophores BODIPY?. La molécule hétérocyclique parente des fluorophores BODIPY? est un composé de difluorure de dipyrrométhènebore, qui est modifié afin de créer une catégorie importante de fluorophores à sélection spectrale. L'invention concerne des procédés d'utilisation d'ADN marqué au fluorophore BODIPY? servant à effectuer le séquençage d'amorces marquées au colorant, dans lequel les fluorophores BODIPY? sont fixés à l'extrémité 5' d'amorces de séquençage, des procédés de séquençage d'ADN utilisant de séquençage d'ADN en terminaison de chaîne, ainsi que de marquage interne de polynucléotides par incorporation enzymatique de ribonucléotides ou de désoxyribonucléotides à marquage fluorescent, ainsi que des oligonucléotides marqués par des composés de 4,4-difluoro-4-bora-3A,4A-diaza-s-indacène substitué (fluorophore BODIPY?), afin de mettre en application la méthode de Taqman. Les fluorophores BODIPY? présentent des caractéristiques spectrales améliorées par rapport aux colorants classiques de fluorescéine et de rhodamine. Les fluorophores BODIPY? possèdent une largeur de bande plus étroite, une insensibilité au solvant ou au pH, ainsi qu'une photostabilité améliorée et, de ce fait, permettent d'améliorer le séquençage et/ou la détection de l'ADN dans tout procédé nécessitant l'électrophorèse et la détection de l'ADN. De plus, les propriétés spectrales des fluorophores BODIPY? sont suffisamment semblables en longueur d'ondes et en intensité pour être utilisées avec l'équipement classique de l'état actuel de la technique.
Gibbs Richard A.
Metzker Michael L.
Baylor College Of Medicine
Ogilvy Renault Llp/s.e.n.c.r.l.,s.r.l.
LandOfFree
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