C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2393482
Methods for detecting various types of polymorphic nucleic acid sequences are provided herein. The detection methods are based upon nucleic acid amplification procedures and the ability to detect "large" deletions or insertions in an automated fashion. For example, a deletion or an insertion in a target nucleic acid sequence in a test sample, wherein the deletion or insertion is at least 8 or more consecutive nucleotides, can be detected according to the following steps: a) contacting the test sample with amplification reagents and a set of amplification primers to form a reaction mixture wherein the set of amplification primers hybridize with the target nucleic acid sequence and a standard nucleic acid sequence in the test sample; b) subjecting the reaction mixture to amplification conditions to form a target nucleic acid sequence amplification product and a standard nucleic acid amplification product; c) hybridizing a first labeled probe to the target sequence amplification product and a second labeled probe to the standard nucleic acid sequence amplification product; d) detecting signals from the first probe and the second probe; and e) comparing the signals from the first and second labeled probes to determine the presence of the deletion or insertion in the target nucleic acid sequence in the test sample.
L'invention concerne des procédés permettant de détecter différents types de séquences polymorphes d'acide nucléique. Ces procédés de détection sont basés sur des procédures d'amplification d'acide nucléique et sur la capacité de détecter de manière automatisée des délétions ou des insertions <=grandes>=. On peut, par exemple, détecter une délétion ou une insertion dans une séquence cible d'acide nucléique dans un échantillon d'essai, dans lequel la délétion ou l'insertion est d'au moins 8 nucléotides consécutifs, en suivant les étapes suivantes consistant: a) à mettre en contact l'échantillon d'essai avec des réactifs d'amplification et avec un ensemble d'amorces d'amplification afin de créer un mélange réactif dans lequel l'ensemble des amorces d'amplification s'hybride avec la séquence cible d'acide nucléique et avec une séquence normalisée d'acide nucléique dans l'échantillon d'essai; b) à soumettre le mélange réactif à des conditions d'amplification en vue de créer un produit d'amplification de séquence cible d'acide nucléique ainsi qu'un produit normalisé d'amplification de séquence d'acide nucléique; à hybrider une première sonde étiquetée à un produit d'amplification de séquence cible et une seconde sonde étiquetée au produit normalisé d'amplification de séquence d'acide nucléique; d) à détecter des signaux provenant de la première et de la seconde sonde; et e) à comparer les signaux provenant de la première et de la seconde sonde étiquetées en vue de déterminer la présence de la délétion ou de l'insertion dans la séquence cible d'acide nucléique dans l'échantillon d'essai.
Cornwell Michael J.
Gentile Maria C.
Huff Jeffrey B.
Katz David A.
Abbott Laboratories
Mbm Intellectual Property Law Llp
LandOfFree
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