Amplification of nucleic acid fragments using nicking agents

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q

Patent

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Details

C12Q 1/68 (2006.01)

Patent

CA 2492007

The present invention relates to compounds, kits and methods for detecting a genetic variation in a target nucleic acid, detecting the presence, or the absence of a particular nucleic acid in a biological sample, preparing single- stranded nucleic acid probes, and detecting pre-mRNA differential splicing in a target cDNA molecule or a cDNA population. It utilizes a nicking agent in the amplification of a single-stranded nucleic acid fragment that either contains a genetic variation of the target nucleic acid, has a unique sequence correlating to the particular nucleic acid, is complementary to a nucleic acid of interest, or comprises an exon-exon junction. Detection and/or characterization of this short single-stranded nucleic acid fragment identifies the genetic variation of the target nucleic acid, indicates the presence of the particular nucleic acid in the sample, makes single-stranded nucleic acid probes for the nucleic acid of interest, or detecting the presence of the exon-exon junction in the target cDNA molecule or the cDNA probes.

L'invention concerne des composés, des trousses et des procédés de détection d'une variation génétique dans un acide nucléique cible, de détection de la présence, ou de l'absence d'un acide nucléique particulier dans un échantillon biologique, de préparation de sondes d'acide nucléique monocaténaire, et de détection d'épissure différentielle de pré-ARNm dans une molécule D'ADNc cible, ou dans une population d'ADNc. L'invention fait appel à un agent de coupure dans l'amplification d'un fragment d'acide nucléique monocaténaire contenant soit une variation génétique de l'acide nucléique cible, présentant une séquence unique en corrélation avec de l'acide nucléique en particulier, et étant complémentaire à un acide nucléique examiné, soit comprenant une jonction exon-exon. Une détection et/ou une caractérisation de ce fragment d'acide nucléique monocaténaire permet d'identifier la variation génétique de l'acide nucléique cible, d'indiquer la présence de l'acide nucléique particulier dans l'échantillon, de constituer des sondes d'acide nucléique monocaténaire pour l'acide nucléique examiné, ou de détecter la présence de la jonction exon-exon dans la molécule d'ADNc cible ou dans les sondes d'ADNc.

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