G - Physics – 01 – N
Patent
G - Physics
01
N
G01N 33/48 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2575921
Disclosed are methods and algorithms (and their implementation) supporting the automated analysis and interactive review and refinement ("redaction") of the analysis within an integrated software environment, for automated allele assignments. The implementation, preferably with a software system and a program referred to as the Automated Allele Assignment ("AAA") program, provides a multiplicity of functionalities including: data management by way of an integrated interface to a portal a database to permit visualizing, importing, exporting and creating customizable summery reports; system configuration ("Set-up") including user authorization, training set analysis and probe masking; Pattern Analysis including string matching and probe flipping; and Interactive Redaction combining real-time database computations and "cut-and~paste" editing, generating "warning" statements and supporting annotation. It also includes a thresholding function, a method of setting thresholds, a method of refining thresholds by matching an experimental binary string ("reaction pattern") setting for that probe, probe masking of signals produced by probes which do not contribute significantly to discriminating among alleles.
Cette invention concerne des procédés et des algorithmes (et leur mise en oeuvre) utilisés à l'appui de l'analyse automatisée ainsi que de l'examen interactif et de l'affinement ("rédaction") de l'analyse au sein d'un environnement de logiciel intégré, pour attribution d'allèles. La mise en oeuvre, menée de préférence avec un système logiciel et un programme connus sous le nom de programme "AAA" (Automated Allele Assignment/attribution automatisée d'allèles) offre des fonctionnalités multiples telles que: gestion de données par interface intégrée avec une base de données portable permettant de visualiser, d'importer, d'exporter et de créer des rapports récapitulatifs personnalisables; configuration de systèmes dont autorisation utilisateur, analyse de jeux de formation et masquage de sondes; analyse de modes dont mise en correspondance de séquences et rédaction interactive combinant des calculs de base de données en temps réel et édition par "copier-coller", formulation d'avis de "mise en garde" avec annotations à l'appui. S'y ajoutent une fonction à seuils, un procédé de fixation de seuils, un procédé d'affinement de seuils par mise en correspondance d'un schéma de séquence binaire expérimentale (schéma de réaction) pour la sonde correspondante, masquage des signaux produits par les sondes qui ne contribuent pas notablement à l'établissement de distinction entre les allèles.
Seul Michael
Xiongwu Xia
Bioarray Solutions Ltd.
Borden Ladner Gervais Llp
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1435703