C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C40B 30/02 (2006.01) G01N 33/48 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01) C12N 15/09 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2386706
The invention relates to an automated method for identifying related biomolecular sequences having defined features of interest from databases, the databases comprising at least a first and a second set of sequences, each set being derived from a different type of organism, comprising the steps of: a) establishing from the first set of sequences a non-redundant list of query sequences having the defined features of interest (first family members), using a database search program; b) performing sequence alignments with the first family members in a second set of sequences derived from a second type of organism, using a database search proram and a preset similarity threshold, giving a list of second family members; c) establishing a two dimensional matrix displaying the first and second family members and their respective similarity values resulting from step (b), optionally displaying only those second family members having similarity values exceeding a preset threshold value; d) selecting from the matrix those pairs of first and second family members for which the similarity values are the best among all of the alignments that involve one of the two pair's members (orthologs).
La présente invention concerne un procédé automatisé permettant d'identifier des séquences biomoléculaires apparentées, présentant des caractéristiques définies intéressantes, à partir de bases de données comprenant au moins un premier et un second ensemble de séquences, chaque ensemble provenant d'un type d'organisme différent. Ce procédé consiste a) à établir, à partir du premier ensemble de séquences, une liste non redondante de séquences de requêtes, présentant les caractéristiques définies intéressantes (premiers membres de famille), par utilisation d'un programme de recherche de base de données; b) à réaliser des alignements de séquences avec les premiers membres de famille, dans un second ensemble de séquences provenant d'un second type d'organisme, par utilisation d'un programme de recherche de base de données et d'un seuil de similitude prédéfini, fournissant une liste de seconds membres de famille; c) à établir une matrice à deux dimensions, qui affiche les premiers et seconds membres de famille et leurs valeurs de similitude respectives, résultant de l'étape b), et qui n'affiche éventuellement que les seconds membres de famille qui présentent des valeurs de similitude dépassant une valeur seuil prédéfinie; d) à sélectionner, à partir de ladite matrice, les paires de premiers et seconds membres de famille pour lesquelles les valeurs de similitude sont les meilleures parmi tous les alignements qui impliquent un des deux membres de paire (orthologues).
Colinge Jacques
Hooft Van Huijsduijnen Rob
Applied Research Systems Ars Holding N.v.
Kirby Eades Gale Baker
Laboratoires Serono S.a.
LandOfFree
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Profile ID: LFCA-PAI-O-1640035