C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C07K 14/705 (2006.01) A61K 38/00 (2006.01)
Patent
CA 2383264
Disclosed is a method for the comprehensive analysis of nucleic acid samples and a detector composition for use in the method. The method, referred to as Binary Encoded Sequence Tags (BEST), involves generation of a set of nucleic acid fragments; adding an adaptor to the ends containing recognition site for cleavage at a site offset from the recognition site; cleaving the fragment to generate fragments having a plurality of sticky ends; indexing of the fragments into sets based on the sequence of sticky ends. The fragments are indexed by adding an offset adaptor to newly generated ends. A different adaptor will be coupled to each different sticky end. The resulting fragments - which will have defined ends, be of equal lengths (in preferred embodiment), and a central sequence derived from the source nucleic acid molecule - are binary sequence tags. The binary sequence tags can be used and further analyzed in numerous ways. For example, the binary sequence tags can be captured by hybridization and coupling, preferably by ligation, to a probe. The probe is preferably immobilized in an array or on sortable beads. One form of the BEST method, referred to as modification assisted analysis of binary sequence tags (MAABST), assesses modification of sequences in nucleic acid molecules by detecting differential cleavage based on the presence or absence of modification in the molecules.
La présente invention concerne un procédé permettant une analyse exhaustive d'échantillons d'acide nucléique et une composition de détection destinée à ce procédé. Ce procédé, appelé étiquettes de séquence à codage binaire (BEST), consiste à générer un ensemble de fragments d'acide nucléique, à ajouter un adaptateur au niveau du site de reconnaissance contenant les extrémités en vue d'un clivage au niveau d'un site décalé du site de reconnaissance, à couper le fragment de façon à générer des fragments possédant une pluralité d'extrémités cohésives, à indexer ces fragments dans des ensembles fondés sur la séquence des extrémités cohésives. On indexe ces fragments en ajoutant un adaptateur de décalage aux extrémités nouvellement générés. Un adaptateur différent sera couplé à chaque extrémité cohésive. Les fragments résultants _qui auront des extrémités définies, qui seront de longueurs égales (dans un mode de réalisation préféré), et qui auront une séquence centrale dérivée de la molécule d'acide nucléique source_sont des étiquettes de séquence binaires. Ces étiquettes de séquence binaires peuvent être utilisées et également analysées de nombreuses façon. On peut, par exemple capturer ces étiquettes de séquence binaires par hybridation et par couplage, de préférence par ligation, à une sonde. Cette sonde est de préférence immobilisée dans un jeu ordonné d'échantillons ou sur des microsphères que l'on peut classer. Une forme de cette technique BEST, appelée analyse par modification d'étiquettes de séquence binaires (MAABST), interprète la modification des séquences dans les molécules d'acide nucléique par la détection de clivage différentiel fondée sur la présence ou l'absence de modification dans ces molécules.
Feng Li
Kaufman Joseph C.
Latimer Darin R.
Lizardi Paul M.
Roth Matthew E.
Gowling Lafleur Henderson Llp
Yale University
LandOfFree
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