C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/10 (2006.01) G01N 33/48 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2461864
Embodiments of this invention include application of new inferential methods to analysis of complex biological information, including gene networks. In some embodiments, disruptant data and/or drug induction/inhibition data are obtained simultaneously for a number of genes in " an organism. New methods include modifications of Boolean inferential methods and application of those methods to determining relationships between expressed genes in organisms. Additional new methods include modifications of Bayesian inferential methods and application of those methods to determining cause and effect relationships between expressed genes, and in some embodiments, for determining upstream effectors of regulated genes. Additional modifications of Bayesian methods include use of heterogeneous variance and different curve fitting methods, including spline functions, to improve estimation of graphs of networks of expressed genes. Other embodiments include the use of bootstrapping methods and determination of edge effects to more accurately provide network information between expressed genes. Methods of this invention were validated using information obtained from prior studies, as well as from newly carried out studies of gene expression.
Les modes de réalisation de l'invention consistent à appliquer de nouvelles méthodes par déduction permettant d'analyser des informations biologiques complexes, notamment de réseaux génétiques. Dans certains modes de réalisation, des données d'interruption et/ou des données d'induction/inhibition sont obtenues simultanément pour un nombre de gènes dans un organisme. Certaines nouvelles méthodes consistent à modifier les méthodes par déduction booléenne et à appliquer ces méthodes afin de déterminer des relations entre des gènes exprimés dans des organismes. D'autres nouvelles méthodes consistent à modifier des méthodes par déduction booléenne et à appliquer ces méthodes pour déterminer les relations de cause à effet entre les gènes exprimés, et dans certains modes de réalisation, pour déterminer des effecteurs en amont de gènes régulés. D'autres modifications des méthodes bayesiennes consistent à utiliser des méthodes d'ajustement de courbe différente et de variance hétérogène, notamment des fonctions spline, pour améliorer une estimation de graphiques de réseaux des gènes exprimés. D'autres modes de réalisation consistent à utiliser des méthodes d'amorçage et de détermination d'effets de bord pour fournir des informations de réseau entre des gènes exprimés avec plus d'exactitude. Les méthodes de l'invention ont été validées au moyen des informations obtenues à partir d'études précédentes, de même que des études menées récemment sur l'expression des gènes.
de Hoon Michiel
Goto Takao
Imoto Seiya
Kuhara Satoru
Miyano Satoru
Gni Kk
Gowling Lafleur Henderson Llp
LandOfFree
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