Circularly permutated, interaction-activated proteins

Details Circularly permutated, interaction-activated proteins Circularly permutated, interaction-activated proteins

C - Chemistry, Metallurgy

12

N

C12N 15/10 (2006.01) C07K 14/705 (2006.01) C07K 16/00 (2006.01) C07K 16/28 (2006.01) C07K 16/32 (2006.01) C12N 9/02 (2006.01) C12N 9/38 (2006.01) C12N 15/62 (2006.01) C12N 15/70 (2006.01) C12Q 1/02 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G01N 33/50 (2006.01) G01N 33/535 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01)

Patent

CA 2397162

Interaction-activated circularly permutated proteins are disclosed that depend for their functional reassembly into the parent protein on the interaction of heterologous polypeptides or other molecules which have been genetically or chemically conjugated to the break-point termini of engineered enzymes. Additionally, methods are provided for identifying circularly permutated marker proteins that will optimally reassemble into a functional parent protein, and which are dependent on the association of heterologous interactor domains. The invention is exemplified by circular permutations of a Class A .beta.-lactamase (TEM-1 of E. coli). Circularly permutated marker proteins comprising interaction-dependent enzymes find use in (1) cell-based sensors for activation or inhibition of metabolic or signal transduction pathways, in (2) high-throughput mapping of pair-wise protein-protein interactions within and between the proteomes of cells, tissues, and pathogenic organisms, and in (3) cell-based screens for high-throughput selection of inhibitors of any protein-protein interaction.

L'invention concerne des protéines activées par interaction et permutées de façon circulaire qui sont dépendantes, en ce qui concerne leur réassemblage fonctionnel dans la protéine parente, de l'interaction de polypeptides hétérologues ou d'autres molécules qui ont été conjugués génétiquement ou chimiquement aux terminaisons de point de rupture d'enzymes produits par génie génétique. Elle concerne, de plus, des procédés servant à identifier des protéines marqueur permutées de façon circulaire qui se réassembleront en protéines parentes fonctionnelles et qui dépendent de l'association de domaines interactifs hétérologues. L'invention se base pour exemple sur des permutations circulaires d'une .beta.-lactamase de classe A (TEM-1 de E.coli). On peut mettre en application des protéines marqueurs à permutation circulaire comprenant des enzymes dépendant d'une interaction dans: 1) des détecteurs à base de cellules servant à activer ou inhiber des trajets métaboliques ou des trajets de transduction de signal dans la recherche d'une efficacité élevée, 2) le criblage productif de recherche d'agonistes/antagonistes du trajet ciblé et dans la mise en correspondance productive d'interactions protéine-protéine sur la base de paires à l'intérieur des protéomes de cellules, de tissus et d'organismes pathogènes, et entre ces protéomes, et (3) des cribles cellulaires servant à effectuer la sélection efficace d'inhibiteurs de toute interaction protéine-protéine.

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