Classification of polypeptides by ligand geometry and...

C - Chemistry – Metallurgy – 12 – N

Patent

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C12N 9/02 (2006.01) A61K 38/44 (2006.01) G01N 33/15 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)

Patent

CA 2432921

The invention provides a method for identifying a pharmacocluster. The method includes a the steps of (a) determining bound conformations of a ligand bound to different polypeptides, and (b) clustering two or more bound conformations of the ligand having substantially the same bound conformation, thereby identifying a pharmacocluster. The invention also provides a method for identifying a member of a pharmacocluster. The invention also provides a method for identifying a polypeptide pharmacofamily. The method includes the steps of (a) determining bound conformations of a ligand bound to different polypeptides of a polypeptide family, and (b) identifying two or more bound conformations of the ligand having substantially different bound conformations, thereby identifying at least two polypeptide pharmacofamilies exhibiting binding specificity for the two or more substantially different bound conformations of the ligand.

La présente invention concerne un procédé permettant d'identifier un groupe pharmacologique. Le procédé décrit dans cette invention comprend les étapes consistant (a) à déterminer les conformations de liaison de la liaison d'un ligand à différents polypeptides, et (b) à grouper au moins deux conformations de liaison du ligand présentant une conformation de liaison sensiblement identique, ce qui permet d'identifier un groupe pharmacologique. Cette invention concerne également un procédé permettant d'identifier un membre d'un groupe pharmacologique et un procédé permettant d'identifier une famille pharmacologique de polypeptides. Ce dernier procédé consiste (a) à déterminer des conformations de liaison d'un ligand lié à différents polypeptides d'une famille de polypeptides, puis (b) à identifier au moins deux conformations de liaison du ligand présentant des conformations de liaison sensiblement différentes, ce qui permet d'identifier au moins deux familles pharmacologiques de polypeptides présentant une spécificité de liaison pour lesdites deux conformations de liaison sensiblement différentes.

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