G - Physics – 06 – F
Patent
G - Physics
06
F
G06F 17/30 (2006.01) G06F 17/27 (2006.01)
Patent
CA 2285058
A method and system for detecting coincidences in a data set of objects, where each object has a number of attributes. Iteratively, equally-sized subsets of the data set are sampled, and coincidences (co-occurrences of a plurality of attribute values in one or more objects in the subset) are recopied. For each coincidence of interest, the expected coincidence count is determined and compared with the observed coincidence count; this comparison is used to determine a measure of correlation for the plurality of attributes for the coincidence. The resulting set of k-tuples of correlated attributes is reported, a k-tuple of correlated attributes being a plurality of attributes for which the measure of correlation is above a predetermined threshold. The method and system (implemented on an array of processing nodes) is suitable for protein structure analysis, e.g. in HIV research.
L'invention concerne un procédé et un système pour détecter les coïncidences dans un ensemble de données d'objets, où chaque objet a un certain nombre d'attributs. Par itération, on échantillonne dans l'ensemble de données les sous-ensembles ayant la même taille, puis l'on enregistre les coïncidences (co-occurrences d'une pluralité de valeurs d'attributs dans un ou plusieurs objets). Pour chaque coïncidence examinée, la valeur attendue des coïncidences est déterminée et comparée à la valeur observée; cette comparaison permet de déterminer une mesure de corrélation correspondant à la pluralité d'attributs pour la coïncidence. On notifie alors l'ensemble résultant de k-tuples d'attributs corrélés, un k-tuple de ces attributs s'entendant d'une pluralité d'attributs pour lesquels la mesure de corrélation dépasse un seuil préétabli. Le procédé et le système considérés (mis en oeuvre sur un groupement de noeuds de traitement) se prêtent à l'analyse de la structure des protéines, par exemple dans les recherches liées au HIV.
Queen's University At Kingston
Ridout & Maybee Llp
Steeg Evan W.
LandOfFree
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