Common protein surface shapes and uses therefor

Details Common protein surface shapes and uses therefor Common protein surface shapes and uses therefor

G - Physics

06

F

G06F 17/30 (2006.01) C07K 14/61 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01) G06F 17/50 (2006.01)

Patent

CA 2476274

A method of determining common three-dimensional structural features of protein surfaces is provided, as is use of representations of these common structures in molecular database searching and in designing focussed molecular libraries. The method is particularly concerned with the analysis and representation of protein surfaces such as b-turns, loops and contact surfaces. In one form, the method identifies common locations and orientations of amino acid side-chains, simplified as C.alpha.-C.beta. vectors. In another form, the method identifies common regions of surface charge represented by grid points in three-dimensional space. Further provided are common three dimensional structural features of proteins that can be used to search molecular databases for the purposes of identifying molecules that match these common three dimensional structural features. The common three dimensional structural features can also be used to focus de novo molecular generation to produce libraries containing molecules that have these common three dimensional structural features. Libraries of these structurally-related molecules may then be produced for the purposes of drug discovery.

La présente invention concerne un procédé pour déterminer des caractéristiques structurelles tridimensionnelles communes de surfaces de protéines, ainsi que l'utilisation de représentations de ces structures communes dans le cadre d'une recherche dans des bases de données moléculaires et d'une élaboration de bibliothèques moléculaires ciblées. Ce procédé a notamment trait à l'analyse et à la représentation de surfaces de protéines, tels que des .beta.-tours, des boucles et des surfaces de contact. Dans un mode de réalisation, le procédé permet d'identifier des emplacements et des orientations communs de chaînes latérales d'acides aminés, simplifiés sous forme de vecteurs C.alpha.-C.beta.. Dans un autre mode de réalisation, le procédé permet d'identifier des régions communes de charge de surface représentée par des points de grille dans un espace tridimensionnel. La présente invention concerne également des caractéristiques structurelles tridimensionnelles de protéines qui peuvent être utilisées pour effectuer une recherche dans des bases de données moléculaires afin d'identifier des molécules correspondant à ces caractéristiques structurelles tridimensionnelles communes. Les caractéristiques structurelles tridimensionnelles communes peuvent également être utilisées pour cibler une génération moléculaire de novo afin de produire des bibliothèques contenant des molécules qui présentent ces caractéristiques structurelles tridimensionnelles communes. Des bibliothèques contenant ces molécules à relation structurelle peuvent ensuite être produites et utilisées afin de mettre au point des médicaments.

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