C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/68 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)
Patent
CA 2420525
The present invention provides methods for analyzing exon expression profiles of a cell or type of cell. In the invention, the expression levels of a plurality of individual exons or multiexons for each of a plurality of genes in the genome of an organism are measured and analyzed to determine the biological state, such as the exon expression state or transcriptional state, of the cell or type of cell. The methods of the invention are useful for determination of alternative RNA splicing in a plurality of genes. The invention also provides nucleic acid probe arrays for determining in parallel the expression levels of a plurality of exons or multiexons for each of a plurality of genes in the genome of an organism. Such nucleic acid arrays comprise polynucleotide probes complementary and hybridizable to sequences in individual exons or multiexons. Methods for designing and making such nucleic acid probe arrays are also provided. The invention further provides methods for determining the effects of perturbations, such as perturbations by drugs, on exon expression and alternative RNA splicing pathways.
La présente invention concerne des méthodes d'évaluation des niveaux d'expression des exons dans une cellule ou un type de cellule. Selon l'invention, les niveaux d'expression de plusieurs exons individuels ou multiexons, pour chacun d'une pluralité de gènes présents dans le génome d'un organisme, sont mesurés et analysés aux fins de déterminer l'état biologique, tel que l'état d'expression ou l'état transcriptionnel des exons dans la cellule ou le type de cellule. Les méthodes de l'invention sont utilisées pour déterminer un épissage variant de l'ARN dans plusieurs gènes. L'invention concerne également des jeux ordonnés d'échantillons de sondes d'acide nucléique servant à déterminer en parallèle les niveaux d'expression de plusieurs exons ou multiexons pour chacun d'une pluralité de gènes présents dans le génome d'un organisme. De tels jeux ordonnés d'échantillons de sondes d'acide nucléique comprennent des sondes polynucléotidiques complétaires de et pouvant s'hybrider avec des séquences dans des exons individuels ou multiexons. L'invention concerne en outre des méthodes de mise au point et de production desdits jeux ordonnés d'échantillons de sondes d'acide nucléique, ainsi que des méthodes permettant de déterminer les effets de perturbations, telles que celles causées par des médicaments, sur des voies d'expression des exons et d'épissage variant de l'ARN.
Friend Stephen H.
Scherer Stewart
Shoemaker Daniel D.
Osler Hoskin & Harcourt Llp
Rosetta Inpharmatics Inc.
LandOfFree
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