Computer-generated mimetics with endostatin coordinates

Details Computer-generated mimetics with endostatin coordinates Computer-generated mimetics with endostatin coordinates

G - Physics

06

G

G06G 7/48 (2006.01) C07K 1/00 (2006.01) C07K 14/00 (2006.01) C07K 14/78 (2006.01) C07K 16/00 (2006.01) C07K 17/00 (2006.01)

Patent

CA 2315058

A detailed map of atomic coordinates of active mammalian endostatin is used in a computer-based method to identify mimics having endostatin coordinates. Based on the coordinates, the computer will identify compounds having atomic coordinates with non-trivial similarity to selected coordinates of atoms of a mammalian endostatin. The method includes: a) providing a library of atomic coordinates of compounds in a library of candidate compounds; b) comparing the library atomic coordinates to the selected coordinates of a mammalian endostatin; and c) selecting from the library at least one candidate compound on the basis of selection criteria which include similarities between the atomic coordinates of the selected candidate compound and the atomic coordinates of the mammalian endostatin.

Selon l'invention, on utilise une carte détaillée de coordonnées atomiques d'endostatine active de mammifère dans un procédé informatique afin d'identifier des mimétiques ayant des coordonnées d'endostatine. Sur la base de ces coordonnées, l'ordinateur identifie des composés ayant des coordonnées atomiques qui présentent une similarité non négligeable avec des coordonnées sélectionnées d'atomes d'endostatine de mammifère. Le procédé consiste: a) à se procurer une bibliothèque de coordonnées atomiques dans une bibliothèque de composés candidats; b) à comparer les coordonnées atomiques de la bibliothèque aux coordonnées sélectionnées de l'endostatine d'un mammifère; et c) à choisir dans la bibliothèque au moins un composé candidat sur la base de critères de sélection qui comprennent des similarités entre les coordonnées atomiques du composé candidat sélectionné et les coordonnées atomiques de l'endostatine de mammifère.

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