C - Chemistry – Metallurgy – 12 – Q
Patent
C - Chemistry, Metallurgy
12
Q
C12Q 1/70 (2006.01) C12M 1/34 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01)
Patent
CA 2612360
A method of: submitting reference sequences to a taxonomic database to produce taxonomic results; and reporting a taxonomic identification based on the taxonomic results. The reference sequences are the output of genetic database queries that return a score for each reference sequence. A method for processing a biological sequence obtained from an assay by: converting base calls located in a predetermined list of positions within the biological sequence to N; and determining the ratio of single nucleotide polymorphisms in the biological sequence relative to a reference sequence. Each entry in the predetermined list of positions represents the capability of a substance hybridizing to a microarray used to generate the biological sequence. The substance is not the nucleic acid of a target pathogen.
La présente invention a trait à un procédé pour la soumission de séquences de référence à une base de données taxonomiques en vue de produire des résultats taxonomiques; et le rapport d'une identification taxonomique basé sur les résultats taxonomiques. Les séquences de référence sont la sortie d'interrogations de base de données génétiques qui renvoient une notation pour chaque séquence de référence. Le procédé pour la soumission d'une séquence biologique obtenue à partir d'un dosage comprend: la conversion d'appels de base située dans une liste prédéterminée de positions dans la séquence biologique en N; et la détermination du rapport de polymorphismes nucléotidiques simples dans la séquence biologique en relation avec une séquence de référence. Chaque entrée dans la liste prédéterminée de positions représente la capacité d'hybridation de la substance à un jeu ordonné de microéchantillons utilisé pour la génération de la séquence biologique. La substance n'est pas l'acide nucléique d'un agent pathogène cible.
Lin Baochuan
Malanoski Anthony P.
Schnur Joel M.
Stenger David A.
Sim & Mcburney
The Govern. Of The United States Of America As Represented By The Secre Tary Of The Navy
LandOfFree
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