Computer software and algorithms for systems biologically...

G - Physics – 01 – N

Patent

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Details

G01N 33/545 (2006.01) C12M 1/34 (2006.01) C12Q 1/02 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) C40B 30/06 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01) G06F 19/00 (2006.01)

Patent

CA 2538094

An automated method and system for identifying agents capable of eliciting a phenotypic change in a cell-type is provided. The method includes the steps of: providing receptacles in an array; and providing a statistical design including generic factor names, factor levels and experimental runs. The method further includes the steps of utilizing a software program to generate a computer representation of the statistical design by automatically mapping the identities of the agents to the generic factor names, by mapping the concentration or amounts of the agents to the factor levels and by mapping the locations of the receptacles within the array to the experimental runs. The method also includes placing different mixtures of single agents into receptacles in the array based on the computer representation of the statistical design; contacting the placed mixtures with cells; acquiring experimental data from the contacted cells; and utilizing a processor including an algorithm for comparing the acquired data with the statistical design to identify particular agent mixtures or single agents that cause a phenotypic change in the contacted cells.

L'invention concerne un procédé et un système automatisés d'identification d'agents pouvant provoquer un changement phénotypique dans un type cellulaire. Ledit procédé comprend les étapes consistant : à utiliser un réseau de récipients ; et à utiliser un modèle statistique comprenant des noms de facteurs génériques, des niveaux de facteurs et des essais expérimentaux. Le procédé comprend également les étapes consistant à utiliser un programme logiciel afin de générer une représentation informatique du modèle statistique par mise en correspondance automatique des identités des agents avec les noms de facteurs génériques, par mise en correspondance de la concentration ou des quantités des agents avec les niveaux de facteurs et par mise en correspondance des emplacements des réceptacles du réseau avec les essais expérimentaux. Le procédé consiste également à placer différents mélanges d'agents uniques dans des récipients en fonction de la représentation informatique du modèle statistique ; à mettre en contact les mélanges placés avec des cellules ; à acquérir des données expérimentales à partir des cellules mises en contact ; et à utiliser un processeur comprenant un algorithme pour comparer les données acquises avec le modèle statistique afin d'identifier des mélanges d'agents ou des agents uniques, particuliers, qui entraînent un changement phénotypique au niveau des cellules mises en contact.

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